目前连江梯级开发至12级,为了解梯级开发后连江鱼类群落状况,于2009年3月和2010年4月对连江上、中、下游7个代表江段的鱼类群落结构以及环境因子分别进行了调查,共采集鱼类98种,分属于9目20科75属。海南墨头鱼Garra pingi hainanensis、南方长须鳅鮀Gobiobtia longibarba meridionalis为连江新纪录种。银鮈Squalidus argentatus、黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco、小鳈Sarcocheilichthys parvus、马口鱼Opsariichthys bidens、餐Hemiculter lecuisculus等小型鱼类在鱼类群落结构中占优势地位。对鱼类群落进行聚类分析(CLUSTER)和非度量多维标度排序(NMDS)分析结果表明连江鱼类被划分为3个类群,即下游河口类群、中下游类群及中上游类群;S2、S3两个站位鱼类物种多样性(H’)、丰富度(D’)和均匀度(J’)均高于其他站位。通过对连江各站位鱼类群落与环境因子的典型对应分析发现:河宽、温度、海拔、pH值和水坝之间的距离5个因子与鱼类群落相关性较强(P<0.05)。与历史资料对比后发现,连江鱼类种类、分布、生态类型都发生了巨大变化。