【摘 要】
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Gromacs是一个大型的分子动力学模拟软件。国家超算济南中心拥有两套高性能计算系统,分别为基于Intel CPU构建的高性能计算集群(理论峰值超过100T),以及基于国产SW1600 CPU构
【机 构】
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山东省计算中心,国家超级计算济南中心,
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Gromacs是一个大型的分子动力学模拟软件。国家超算济南中心拥有两套高性能计算系统,分别为基于Intel CPU构建的高性能计算集群(理论峰值超过100T),以及基于国产SW1600 CPU构建的MPP超级计算系统(理论峰值超过1P)。本文介绍了Gromacs软件包在两个高性能计算平台的移植、部署,并以生物大分子作为实例在两个平台上进行了分子动力学模拟测试。
Gromacs is a large molecular dynamics simulation software. National Super Jinan Center has two high-performance computing systems, respectively, based on the Intel CPU built high-performance computing cluster (theoretical peak more than 100T), and built on the domestic SW1600 CPU MPP supercomputer system (theoretical peak more than 1P). This article describes the Gromacs package migration to two high-performance computing platforms, deployment, and biological macromolecules as an example on both platforms for molecular dynamics simulation tests.
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