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磁组构是指岩石磁化率的各向异性，磁组构方法已经被广泛应用于构造变形分析。阿尔泰南缘东段地区岩石磁组构特征是磁各向异性度P值大，反映本区总体韧性剪切变形强烈。萨尔布拉克-科克萨依脆性劈理化带和玛因鄂博韧性剪压构造带的E〉0占优势，磁面理发育，部分样品磁线理发育，反映变形以压扁变形为主，主压应力方向为NE（NEE）向，伴随弱的左行剪切；达拉维孜-阿热勒托别韧性流变构造带和锡泊渡-富蕴深层次变晶糜棱岩带E〉0和E〈0均存在，磁面理和磁线理均发育，反映以剪切变形为主；其中达拉维孜-阿热勒托别构造带主压应力方向为N