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营业税改征增值税是国家“十二五”期间结构性减税的重头戏。为支持现代服务业发展，国务院决定自2012年1月1日起，在上海市交通运输和部分现代服务业开展营业税改征增值税（以下简称“营改增”）试点工作，目前已经扩大到全国10个省市，其公平税负与促进服务业发展的效应已经显现。本文以海关估价中常见的特许权使用费为切入点，深入探讨了营业税改征增值税后引发的重复征税质疑，并从征税对象和纳税主体两角度入手进行分析，阐述了税务机关和海关之间不存在重复征税问题，并提出解决质疑的办法。