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目的探讨手足口病患者不同样本病毒检出率差异，为手足口病检测样本的选择和疫情控制提供一定依据。方法用实时荧光定量PCR技术，通过一步法RT-PCIt扩增对55例临床确诊为手足口病住院患儿的咽拭、肛拭、血液和尿液样本进行肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）PCR-荧光探针核酸检测。结果本组患者咽拭样本阳性37例（67．3％），肛拭样本阳性34例（61．8％），差异无统计学意义（χ2=0．8，P〉0．05）；血液样本阳性13例（23．6％），尿液样本阳性9例（16．4％），差异无统计学