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基因芯片是提取生物分子信息的一种新技术，该技术是分子生物学与电子信息科学交叉的产物。基因芯片在基因型分析、基因表达监控和疾病检测方面有着重要的应用。本论文分析基因芯片中的信息处理问题，介绍一个高密度基因芯片设计及数据分析软件系统，该系统包括基因芯片探针设计、芯片优化、杂交图像处理和检测结果分析等功能。