据文献记载，白头叶猴的天敌包括蟒蛇、大型猛禽和云豹等动物，这些天敌主要的攻击对象是白头叶猴的幼崽。不过，云豹在桂西南地区已经几十年未曾有记录了。在我的实际观察中，还没有见到过白头叶猴的幼崽被天敌捕食的情况，倒是见过家庭群的雄性首领驱赶金雕以及猴群驱赶蛇的现象，可见这些动物对它们而言至少是危险的。
　　事实上，造成白头叶猴幼崽意外死亡的主要原因并非天敌，而是猴群的社会组织形式。和其他很多叶猴一样，白头叶猴有杀婴行为，当一个家庭群的雄性首领被更年輕力壮的公猴取代后，新首领会驱赶、杀死前任留下的幼崽，让母亲们放弃哺乳，尽快为新首领孕育后代。新首领会追逐带崽的母猴，逼迫她放弃幼崽，有时母亲虽然不放弃，但幼崽也会在这样的追赶中不幸掉落。在这样的困境中，有些母猴也会选择放弃跟随新首领，而是带着幼崽跟随前任首领。这种情况在我的研究中也曾出现。不幸的是，那只母猴跟随老首领离开自己熟悉的家园去寻找一个新的领域，最后在颠沛流离中因被捕兽的铁夹夹中而死亡。这可能是她选择保全自己的孩子而不得已付出的代价。
　　20世纪90年代末，白头叶猴面临的主要威胁是偷猎和栖息地退化。白头叶猴在石山上活动，当地的壮族村寨及农田分布在石山脚下的洼地和谷地中，村民开荒种地、砍薪柴、放置捕猎野生动物的铁夹，这些都给白头叶猴的生存造成威胁，并使得它们喜爱的栖息地质量退化或面积减少。2002年夏，在北京召开的第十九届国际灵长类学大会上，白头叶猴被列为全球最为濒危的25种灵长类动物之一，随后世界自然保护联盟（IUCN）红色名录也将白头叶猴列为极度濒危物种（Critically Endangered），这使得国际社会对这个物种的保护更为关注。
　　21世纪，生态公益林项目在全国逐渐铺开，桂西南喀斯特石山区域开始全面封山育林。经过近20年的努力，当地的喀斯特热带季节性雨林已经明显恢复，村民使用的能源被电、沼气和煤气取代。同时，随着白头叶猴研究的深入以及执法力度的加强，偷猎现象也不再发生，地方政府还建立了崇左白头叶猴国家级自然保护区，以便更好地保护这一物种。如今，白头叶猴的种群数量已恢复到1100只左右。