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[目的]探索用ISSR分子标记方法在核酸分子水平上鉴别黑果枸杞与雄性不育枸杞。[方法]从100条ISSR引物中筛选合适的引物对黑果枸杞与雄性不育枸杞样品进行PCR扩增及电泳分析,寻找特征位点。[结果]有4条ISSR引物扩增出较为明显的多态性特征条带,可单独应用于黑果枸杞与雄性不育枸杞的鉴别。[结论]ISSR作为一种简便、可靠的分子标记方法,可用于黑果枸杞与雄性不育枸杞的鉴别。