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匍枝根霉和半裸镰刀菌以不同的机制侵染甜瓜果实。匍枝根霉侵染时，菌丝分泌大量的果胶甲酯酶，多聚半乳糖醛酸酶，果胶甲基半乳糖模型酸酶，迅速消解组织中胶层，引起细胞电解质外渗，质壁分离和软腐。菌丝在胞外和细胞间隙生长，不能穿透细胞壁。半裸镰刀菌侵染甜瓜果实时分泌高活力的果胶甲酯酶，果胶裂解酶类和纤维素酶而缺少果胶水解酶类，菌丝不能迅速消解中胶层，但以直接穿透细胞壁方式侵染组织细胞。