运用磷脂脂肪酸（phospholipid fatty acid，PLFA）和Biolog方法研究了秸秆不还田不施肥（CK）、秸秆还田+尿素1(N分配：麦收后︰水稻移栽前︰分蘖期︰孕穗期=0︰6︰2︰2，T₁)、秸秆还田+尿素2(N分配：麦收后︰水稻移栽前︰分蘖期︰孕穗期=3︰3︰2︰2，T₂)、秸秆还田+沼液+尿素(N分配：麦收后︰水稻移栽前︰分蘖期︰孕穗期=3（沼液）︰3（2沼液+1尿素）︰2（尿素）︰2（尿素），T₃)4种氮肥运筹方式对水稻各生育期（分蘖期、孕穗期、成熟期）土壤微生物群落结构的影响。结果表明：1)T₃处理显著提高了各生育期土壤中的有效氮含量，其中成熟期含量显著高于分蘖期和孕穗期；T₁-T₃处理的有效磷和速效钾含量在各生育期均高于CK，且分蘖期的含量高于孕穗期和成熟期；稻田各生育期与各处理的交互作用对土壤有效氮、有效磷、速效钾含量均有显著影响；2)T₃能提高稻田土壤中微生物碳源代谢强度，碳水化合物、氨基酸、聚合物、羧酸是稻田土壤微生物利用的主要碳源，稻田各生育期与各处理的交互作用对微生物利用碳水化合物和羧酸的能力有显著影响；3)T₂、T₃能显著提高土壤微生物生物量；T₂处理真菌/细菌比较高，以真菌为主导，更有利于稻田土壤生态系统的稳定。表明秸秆还田同步施用氮肥（尿素或沼液）能提高土壤微生物活性，改善土壤环境。