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一、专利行政执法的属性分析
（一）专利权的性质与专利权纠纷的特点
1.专利权的私权属性
TRIPS协议在序言中就明确知识产权是一种私权，我国民法典草案的主持人甚至认为“知识产权是私权”这个定义过于显而易见而将此从最初的专家建议稿中删除。1可见，专利权的私权性质应当是无可争议的。以专利权的性质作为专利行政执法的正当理由者，多认为专利权具有公共利益属性2，认为专利授权审查、确定保护范围均对不特定社会公众的利益产生影响，需要公权力介入，且专利权保护与产业和国家经济发展密切相关。3有学者还提出知识产权是一种私权公权化的权利。4
我们认为，专利权的上述特点并不能得出专利权具有公权化性质的结论。首先，公权力机关在授权阶段划定权利范围，是由专利权作为无形财产的边界不明确所决定的，其最终目的是确立应受保护的私权利的范围。其次，不可否认，行使或侵害私权利可能带来对公共利益的损害，但这并不意味着该私权利因此而具有了公权性质。否则，行政机关甚至可以以合同可能损害公共利益为由对所有合同进行审查，照此逻辑，民法社会都将不复存在。因此，判断行政机关能否介入专利权纠纷，应当分为两个层次。行政机关对公共利益的保护是其职责所在，需要考虑的是何种情况下构成侵害公共利益的情形；而行政机关对民事权利的介入，则需要探讨其是否具有合法性依据。
2.私权的保护路径
民事权利的救济包括私力救济和公力救济两种基本的分类。为保障私权秩序的合理、公平，经常需要借助于公权力的介入，而行政权救济是公权力救济的一种方式。因此，行政权并不是完全不能介入对民事权利的救济。但在私权利和公权力之间，私权始终居于目的、實体、主体、第一性的地位，公权力则居于手段、程序、辅助、第二性的地位。5行政权作为民事权利的救济方式具有明显的公法性质，其重在惩罚，只对采取行政行为之后的侵权行为有约束力，对采取行政行为之前权利人因侵权行为遭受的损失缺乏补救。因此，何种民事权利能得到行政权的救济，应该由立法权考虑侵权行为给权利人造成的损害和采取错误的强制措施可能给加害嫌疑人造成的损害之间的平衡而确定。
3.专利权纠纷的特点
专利权纠纷至少具有如下特点：（1）权利可能处于不稳定状态，专利权人不仅可能丧失在侵权案件中的胜诉权，也有可能丧失实体权利。（2）权利要求的解释和侵权判定过程复杂，涉及专业技术问题。（3）处理程序和规则特殊且复杂，往往涉及保全、鉴定、勘验等程序，适用等同原则、禁止反悔原则等特殊的法律规则，非专门人员很难进行处理。（4）涉及的利益大，往往关乎企业的生存和发展。这些特点意味着如果以效率作为处理这类纠纷时的主要追求目标，将会导致对其他价值影响过大，出现试错率过高的后果。因此，专利权纠纷在性质上不是一种适合通过快速处理来解决，用效率来牺牲其他价值的纠纷，这也是专利权纠纷与商标、版权纠纷有所区别之处。
（二）行政机关和行政权的性质
行政机关是按照国家宪法和有关组织法的规定而设立的，代表国家依法行使行政权，组织和管理国家行政事务的国家机关，是国家权力机关的执行机关。行政机关的职权通常由宪法和法律规定，主要分执行与管理两个方面，本身没有居中裁决的功能。
在现代国家权力分工体系中，立法权、行政权与司法权之间的混合与交叉在各国均不同程度地存在。6随着社会管理的复杂化，行政权在部分领域介入司法权的范围，但这并不意味着行政权和司法权之间的交叉是任意的行为。行政权对司法权的介入如果超出其合理的范围，势必严重损害权力之间固有的张力与制约机制，因此应当是审慎而有限度的。7
行政裁决是行政主体根据法律的授权，以中间人的身份，对发生在平等民事主体之间的民事纠纷居间进行裁断的行为。行政裁决制度是20世纪以来行政权扩张并侵占一部分立法机关和司法机关活动领域后，通过立法授权获得了一部分立法职能和司法职能所建立起的制度。行政裁决权来源于国家法律的授权，是一种代表国家行使权力的行为，但行政机关裁决不能排除司法审查。
在我国，尽管部分法律对行政机关给予了行政裁决的权力，但如果在立法层面考虑是否规定行政裁决，还应考察其是否符合宪法的规定。《中华人民共和国水法》规定了不同区域之间水事纠纷争议的行政裁决权，《中华人民共和国矿产资源法》规定了矿区范围争议的行政裁决权，这些都涉及公共资源的利用，涉及行政管理事项，非审判权的范围，因此进行行政裁决并无争议。如果法律对审判权范围内的事项规定了行政裁决权，与《宪法》中有关行政机关职权和司法机关独立行使审判权的规定是否冲突，则存在疑问。
二、专利行政执法的目的分析
（一）“双轨制”的立法目的
我国第一部《专利法》在立法过程中共进行了25次修改，直至1982年9月国务院报送全国人大常委会提请审议的《专利法（草案）》第二十一稿，仍未出现专利管理部门处理专利侵权纠纷的规定。全国人大常委会在审议时考虑到，由于新中国成立后长期实行计划经济，加之专利权纠纷的专业性、技术性较强，若当事人完全诉诸于人民法院，既增加权利人的诉累，也会使司法资源更为紧张，因此才确立了司法保护与行政执法“两条途径，协调运作”的模式。
根据2000年《专利法》的立法释义，专利侵权纠纷，性质上属于民事纠纷，当事人协商解决不成的，通常应通过司法程序加以解决，而不应由行政机关处理。但我国专利法从我国实际情况出发，规定当事人也可以请求专利行政机关进行处理。这对于发挥专利行政机关业务熟悉、处理程序简便的优势，减少专利诉讼案件，方便当事人，是有利的。从该立法解释可以看出，立法中规定的专利行政执法是对司法程序进行补充的行政裁决。
可见，立法机关对于专利权的私权性质，对于行政机关作为专利管理机关的性质，对于司法保护在专利权保护中的核心地位，从来都是清楚的，毫无疑问的。司法与行政也不存在保护上孰优孰劣的问题，专利权作为一种民事权利的保护，就应当是通过司法途径来处理。行政机关的参与只能是特定的历史时期，特定的情形下一种权宜的选择。 从法律条文的演进来看，在《专利法》的几次修订中，专利管理工作部门处理专利侵权纠纷的权限也呈现出渐弱的趋势。即从1984年《专利法》第六十条规定的责令停止侵权+损害赔偿+行政救济途径为首选，到2000年《专利法》第五十七条规定的责令停止侵权+对损害赔偿数额进行调解+司法救济途径为首选。在《专利法》实施三十余年后的今天，人民法院审判专利权纠纷的经验、能力已远超行政机关，行政保护与司法保护在相互配合、相互协调过程中出现的问题不断增多，“双轨制”模式本身所存在的弊端不断显现，一定程度上制约了知识产权司法保护主导作用的发挥。8立法中应考虑进一步强调司法保护，逐渐改变司法保护与行政执法“两条途径，协调运作”的模式。
（二）依法治国执政纲领的要求
党的十八届三中、四中全会提出探索建立知识产权法院，深化司法体制改革；整合执法主体，大幅减少市县两级政府执法队伍种类，加强对行政执法的监督。这一决定符合现代国家治理体系中限制和规范行政权力行使的原则。但《送审稿》第三条中规定县级人民政府专利行政部门可以开展专利行政执法工作，不仅未考虑专利权纠纷的特点和行政机关处理纠纷的能力，而且直接违背了十八届三中全会关于“减少行政执法层级”和四中全会关于“大幅减少市县两级政府执法队伍种类”的原则。
（三）国外相关立法的启示
1.美国
作为著名的“337”条款的实际受理和执行机构，美国国际贸易委员会ITC主要负责1930年《关税法》第337条不公平贸易做法的调查。但是，ITC只是联邦政府的准司法机构，其救济措施是命令海关和边境保护局停止进口，若权利人要求获得赔偿，必须通过联邦巡回法院提起诉讼。9作为独立管制机构，ITC与我国行政机关的性质根本不同。“337”条款及其具体实施，是一种对本国贸易保护的措施，与对作为私权的专利权的保护无关。如果我国在贸易保护中存在同样的必要性，可以考虑给予行政机关对进口产品是否侵犯中国专利权，危害国内产业和贸易秩序的行为进行调查，并采取制裁措施的权力，但这与现行《专利法》和《送审稿》中对专利行政执法的规定有根本区别。相反，无论是美国专利商标局（USPTO）还是其分支机构，都不会以任何方式卷入知识产权权利人针对一方或多方提起的专利权侵权诉讼。即使337条款的执行中，提起诉讼之后，代表公共利益全面参与337调查的独立第三方——ITC的不公平进口调查办公室将会向ITC建议是否启动337调查，而USPTO并不插手ITC的工作。10
2.英国
英国行政部门虽然也在专利侵权纠纷中发挥作用，但法律对英国知识产权局处理专利侵权纠纷设定了若干限制，如《英国专利法》（1977）第61条第3款规定，专利权人和任何其他人可根据彼此间的协议向专利局局长提出问题，即该其他人是否侵害了此专利权。即向英国知识产权局请求处理专利侵权纠纷，需以当事人之间达成的相关协议为前提。11这种方式实际上属于行政仲裁的方式，行政机关没有查处侵权行为的权限，这与我国《专利法》中的专利行政执法也有根本区别。
3.德国、韩国
德国、韩国均设有可称为“专利警察”的角色，对展会中被举报侵权的行为可以采取强制措施。但该种救济方式属于刑事救济，其审查批准由作为司法机关的检察机关作出，有完善的刑事程序，故不能以此得出国外立法有强有力的专利行政执法措施这一结论。
三、专利行政执法的实践分析
（一）案件数量
根据国家知识产权局的统计，全国专利行政机关受理的专利侵权纠纷一直处于上升态势。2015年，专利行政执法办案总量达到35844件，同比增长46.4%。其中专利侵权纠纷14202件，同比增长77.7%。12而根据最高人民法院的统计，2015年，全国法院新收专利案件11607件，同比上升 20.3%。13
不同于司法机关的每个案件背后都有公开的文书，该数据背后并无更有力的事实支持。即使该数据真实说明了行政机关处理的案件数量，也恰恰凸显了行政权力扩张的本性，立法在特定时期赋予行政机关特定权力的目的是对司法起补充作用，但行政机关在行使权力的过程中已经远远违背了立法本意。如果继续在立法中给予行政机关以处理专利侵权纠纷的法律依据，则司法主导的原则将形同虚设。
案件数量的增多亦不能说明专利行政执法的正当性。据调查，约60%的企业不愿进行专利诉讼，而超过五成的专利权人希望专利行政管理部门主动执法，查处侵权行为。14这是因为行政程序对于专利权人来说程序简便，对于被诉侵权人的程序权利缺乏保障，专利权人当然希望通过这种方式来帮助自己实现权利，这不能成为加强专利行政执法的依据。相反，我国正处于创新发展的关键时期，大量中小企业处于创业初期的状态。中小企业在作为权利人的同时，往往要面对大量出于竞争策略的侵权指控，而其应对这类指控的能力较弱，在缺乏程序权利保障的情况下，更容易处于不利地位。因此，过分强调专利行政执法的作用，并不利于对我国创新发展的保护。
（二）实际效果
对于被视为加大行政执法力度依据的“周期长、举证难、成本高、赔偿低”问题，应对专利行政执法解决这些问题的实际效果与司法进行比较分析。
关于审理周期的问题，较之国外法院相应程序的审理周期，我国专利诉讼某一级程序的审理周期很短。据统计，北京知识产权法院2015年侵害专利权纠纷一审案件的平均审理周期为176.7天。而德国专利法院审理专利无效案件的时间通常为1年或1年半，普通法院对专利案件的审理时间甚至达到3-6年。15美国专利诉讼由于证据发现制度的存在，诉讼周期更加漫长。其中相当一部分时间是对专利权有效性的审理。可见，我国专利诉讼周期较长并非某一级程序的审理能力或履职积极性的问题，而是整个二元制结构的设置问题。
关于举证的问题，民事诉讼采用“谁主张、谁举证”的原则，对于当事人难以取得和可能灭失的证据，法律也规定了证据保全、调查取证等程序，这些程序或采用要求提供担保的方式，或允许被诉侵权人参与，均对被诉侵权人的合法权利进行了保障。而行政机关的调查取证是为请求人单方的调查取证，对于取证可能给被诉侵权人造成的损害缺乏补救程序。
关于维权成本的问题，专利侵权纠纷的行政处理的成本由公共财政支持，其支出需符合为公共利益的一般原则。利用公共资源保护专利权相当于以纳税人的贡献服务专利权人，这也是专利等知识产权行政保护备受质疑的理由。16
关于赔偿数额的问题，由于我国行政机关并无裁决赔偿数额的权力，其也无法解决赔偿低的问题。
四、专利行政执法的发展方向
（一）充分发挥调解、服务、维权援助等保护职能
专利行政保护不能等同于专利行政执法。行政机关在专利权保护中的作用，应主要体现在专利的授权、运用、管理过程中的公共服务，行政机关在该过程中发挥着重要作用，专利权要发挥其生命力，也不可能脱离行政机关的作用。考虑到实践中地方专利行政部门所建立的维权援助机构在服务创新企业发展方面已经发挥了重要作用，因此，可在立法中增加“地方人民政府专利行政部门负责设立和管理本地区专利维权援助机构”的规定，以明确专利行政部门的职责，回归行政机关对专利权管理的应有之义。此外，经双方当事人同意的行政调解，包括司法机关委托进行的调解，在实践中也发挥了重要的作用，基于多元化解决社会纠纷的需要，可以予以保留。
（二）取消裁决权，明确界定公共利益范围
如上所述，行政机关以行政裁决的方式介入私权保护本就是特定歷史时期的特殊安排，今后应当逐步弱化，直至取消。而为了防止行政权力任意进入其不应当进入的私权范围，立法时应当为某种行为属于损害公共利益的行为寻找充分的理论和现实依据，法律中应当对损害公共利益的行为划定明确的边界，不能仅以“侵害专利权行为可能对产业发展造成损害”这样的理由作为依据。一般来说，只有类似于进口产品可能危害国内产业和贸易秩序的行为才属于涉及损害公共利益的行为。在“重大影响的专利侵权和假冒专利行为”“群体侵权”“重复侵权”“故意侵权”等概念缺乏基本界定且存在争议的情况下，不宜出现在严谨的立法中。
（一）专利权的性质与专利权纠纷的特点
1.专利权的私权属性
TRIPS协议在序言中就明确知识产权是一种私权，我国民法典草案的主持人甚至认为“知识产权是私权”这个定义过于显而易见而将此从最初的专家建议稿中删除。1可见，专利权的私权性质应当是无可争议的。以专利权的性质作为专利行政执法的正当理由者，多认为专利权具有公共利益属性2，认为专利授权审查、确定保护范围均对不特定社会公众的利益产生影响，需要公权力介入，且专利权保护与产业和国家经济发展密切相关。3有学者还提出知识产权是一种私权公权化的权利。4
我们认为，专利权的上述特点并不能得出专利权具有公权化性质的结论。首先，公权力机关在授权阶段划定权利范围，是由专利权作为无形财产的边界不明确所决定的，其最终目的是确立应受保护的私权利的范围。其次，不可否认，行使或侵害私权利可能带来对公共利益的损害，但这并不意味着该私权利因此而具有了公权性质。否则，行政机关甚至可以以合同可能损害公共利益为由对所有合同进行审查，照此逻辑，民法社会都将不复存在。因此，判断行政机关能否介入专利权纠纷，应当分为两个层次。行政机关对公共利益的保护是其职责所在，需要考虑的是何种情况下构成侵害公共利益的情形；而行政机关对民事权利的介入，则需要探讨其是否具有合法性依据。
2.私权的保护路径
民事权利的救济包括私力救济和公力救济两种基本的分类。为保障私权秩序的合理、公平，经常需要借助于公权力的介入，而行政权救济是公权力救济的一种方式。因此，行政权并不是完全不能介入对民事权利的救济。但在私权利和公权力之间，私权始终居于目的、實体、主体、第一性的地位，公权力则居于手段、程序、辅助、第二性的地位。5行政权作为民事权利的救济方式具有明显的公法性质，其重在惩罚，只对采取行政行为之后的侵权行为有约束力，对采取行政行为之前权利人因侵权行为遭受的损失缺乏补救。因此，何种民事权利能得到行政权的救济，应该由立法权考虑侵权行为给权利人造成的损害和采取错误的强制措施可能给加害嫌疑人造成的损害之间的平衡而确定。
3.专利权纠纷的特点
专利权纠纷至少具有如下特点：（1）权利可能处于不稳定状态，专利权人不仅可能丧失在侵权案件中的胜诉权，也有可能丧失实体权利。（2）权利要求的解释和侵权判定过程复杂，涉及专业技术问题。（3）处理程序和规则特殊且复杂，往往涉及保全、鉴定、勘验等程序，适用等同原则、禁止反悔原则等特殊的法律规则，非专门人员很难进行处理。（4）涉及的利益大，往往关乎企业的生存和发展。这些特点意味着如果以效率作为处理这类纠纷时的主要追求目标，将会导致对其他价值影响过大，出现试错率过高的后果。因此，专利权纠纷在性质上不是一种适合通过快速处理来解决，用效率来牺牲其他价值的纠纷，这也是专利权纠纷与商标、版权纠纷有所区别之处。
（二）行政机关和行政权的性质
行政机关是按照国家宪法和有关组织法的规定而设立的，代表国家依法行使行政权，组织和管理国家行政事务的国家机关，是国家权力机关的执行机关。行政机关的职权通常由宪法和法律规定，主要分执行与管理两个方面，本身没有居中裁决的功能。
在现代国家权力分工体系中，立法权、行政权与司法权之间的混合与交叉在各国均不同程度地存在。6随着社会管理的复杂化，行政权在部分领域介入司法权的范围，但这并不意味着行政权和司法权之间的交叉是任意的行为。行政权对司法权的介入如果超出其合理的范围，势必严重损害权力之间固有的张力与制约机制，因此应当是审慎而有限度的。7
行政裁决是行政主体根据法律的授权，以中间人的身份，对发生在平等民事主体之间的民事纠纷居间进行裁断的行为。行政裁决制度是20世纪以来行政权扩张并侵占一部分立法机关和司法机关活动领域后，通过立法授权获得了一部分立法职能和司法职能所建立起的制度。行政裁决权来源于国家法律的授权，是一种代表国家行使权力的行为，但行政机关裁决不能排除司法审查。
在我国，尽管部分法律对行政机关给予了行政裁决的权力，但如果在立法层面考虑是否规定行政裁决，还应考察其是否符合宪法的规定。《中华人民共和国水法》规定了不同区域之间水事纠纷争议的行政裁决权，《中华人民共和国矿产资源法》规定了矿区范围争议的行政裁决权，这些都涉及公共资源的利用，涉及行政管理事项，非审判权的范围，因此进行行政裁决并无争议。如果法律对审判权范围内的事项规定了行政裁决权，与《宪法》中有关行政机关职权和司法机关独立行使审判权的规定是否冲突，则存在疑问。
二、专利行政执法的目的分析
（一）“双轨制”的立法目的
我国第一部《专利法》在立法过程中共进行了25次修改，直至1982年9月国务院报送全国人大常委会提请审议的《专利法（草案）》第二十一稿，仍未出现专利管理部门处理专利侵权纠纷的规定。全国人大常委会在审议时考虑到，由于新中国成立后长期实行计划经济，加之专利权纠纷的专业性、技术性较强，若当事人完全诉诸于人民法院，既增加权利人的诉累，也会使司法资源更为紧张，因此才确立了司法保护与行政执法“两条途径，协调运作”的模式。
根据2000年《专利法》的立法释义，专利侵权纠纷，性质上属于民事纠纷，当事人协商解决不成的，通常应通过司法程序加以解决，而不应由行政机关处理。但我国专利法从我国实际情况出发，规定当事人也可以请求专利行政机关进行处理。这对于发挥专利行政机关业务熟悉、处理程序简便的优势，减少专利诉讼案件，方便当事人，是有利的。从该立法解释可以看出，立法中规定的专利行政执法是对司法程序进行补充的行政裁决。
可见，立法机关对于专利权的私权性质，对于行政机关作为专利管理机关的性质，对于司法保护在专利权保护中的核心地位，从来都是清楚的，毫无疑问的。司法与行政也不存在保护上孰优孰劣的问题，专利权作为一种民事权利的保护，就应当是通过司法途径来处理。行政机关的参与只能是特定的历史时期，特定的情形下一种权宜的选择。 从法律条文的演进来看，在《专利法》的几次修订中，专利管理工作部门处理专利侵权纠纷的权限也呈现出渐弱的趋势。即从1984年《专利法》第六十条规定的责令停止侵权+损害赔偿+行政救济途径为首选，到2000年《专利法》第五十七条规定的责令停止侵权+对损害赔偿数额进行调解+司法救济途径为首选。在《专利法》实施三十余年后的今天，人民法院审判专利权纠纷的经验、能力已远超行政机关，行政保护与司法保护在相互配合、相互协调过程中出现的问题不断增多，“双轨制”模式本身所存在的弊端不断显现，一定程度上制约了知识产权司法保护主导作用的发挥。8立法中应考虑进一步强调司法保护，逐渐改变司法保护与行政执法“两条途径，协调运作”的模式。
（二）依法治国执政纲领的要求
党的十八届三中、四中全会提出探索建立知识产权法院，深化司法体制改革；整合执法主体，大幅减少市县两级政府执法队伍种类，加强对行政执法的监督。这一决定符合现代国家治理体系中限制和规范行政权力行使的原则。但《送审稿》第三条中规定县级人民政府专利行政部门可以开展专利行政执法工作，不仅未考虑专利权纠纷的特点和行政机关处理纠纷的能力，而且直接违背了十八届三中全会关于“减少行政执法层级”和四中全会关于“大幅减少市县两级政府执法队伍种类”的原则。
（三）国外相关立法的启示
1.美国
作为著名的“337”条款的实际受理和执行机构，美国国际贸易委员会ITC主要负责1930年《关税法》第337条不公平贸易做法的调查。但是，ITC只是联邦政府的准司法机构，其救济措施是命令海关和边境保护局停止进口，若权利人要求获得赔偿，必须通过联邦巡回法院提起诉讼。9作为独立管制机构，ITC与我国行政机关的性质根本不同。“337”条款及其具体实施，是一种对本国贸易保护的措施，与对作为私权的专利权的保护无关。如果我国在贸易保护中存在同样的必要性，可以考虑给予行政机关对进口产品是否侵犯中国专利权，危害国内产业和贸易秩序的行为进行调查，并采取制裁措施的权力，但这与现行《专利法》和《送审稿》中对专利行政执法的规定有根本区别。相反，无论是美国专利商标局（USPTO）还是其分支机构，都不会以任何方式卷入知识产权权利人针对一方或多方提起的专利权侵权诉讼。即使337条款的执行中，提起诉讼之后，代表公共利益全面参与337调查的独立第三方——ITC的不公平进口调查办公室将会向ITC建议是否启动337调查，而USPTO并不插手ITC的工作。10
2.英国
英国行政部门虽然也在专利侵权纠纷中发挥作用，但法律对英国知识产权局处理专利侵权纠纷设定了若干限制，如《英国专利法》（1977）第61条第3款规定，专利权人和任何其他人可根据彼此间的协议向专利局局长提出问题，即该其他人是否侵害了此专利权。即向英国知识产权局请求处理专利侵权纠纷，需以当事人之间达成的相关协议为前提。11这种方式实际上属于行政仲裁的方式，行政机关没有查处侵权行为的权限，这与我国《专利法》中的专利行政执法也有根本区别。
3.德国、韩国
德国、韩国均设有可称为“专利警察”的角色，对展会中被举报侵权的行为可以采取强制措施。但该种救济方式属于刑事救济，其审查批准由作为司法机关的检察机关作出，有完善的刑事程序，故不能以此得出国外立法有强有力的专利行政执法措施这一结论。
三、专利行政执法的实践分析
（一）案件数量
根据国家知识产权局的统计，全国专利行政机关受理的专利侵权纠纷一直处于上升态势。2015年，专利行政执法办案总量达到35844件，同比增长46.4%。其中专利侵权纠纷14202件，同比增长77.7%。12而根据最高人民法院的统计，2015年，全国法院新收专利案件11607件，同比上升 20.3%。13
不同于司法机关的每个案件背后都有公开的文书，该数据背后并无更有力的事实支持。即使该数据真实说明了行政机关处理的案件数量，也恰恰凸显了行政权力扩张的本性，立法在特定时期赋予行政机关特定权力的目的是对司法起补充作用，但行政机关在行使权力的过程中已经远远违背了立法本意。如果继续在立法中给予行政机关以处理专利侵权纠纷的法律依据，则司法主导的原则将形同虚设。
案件数量的增多亦不能说明专利行政执法的正当性。据调查，约60%的企业不愿进行专利诉讼，而超过五成的专利权人希望专利行政管理部门主动执法，查处侵权行为。14这是因为行政程序对于专利权人来说程序简便，对于被诉侵权人的程序权利缺乏保障，专利权人当然希望通过这种方式来帮助自己实现权利，这不能成为加强专利行政执法的依据。相反，我国正处于创新发展的关键时期，大量中小企业处于创业初期的状态。中小企业在作为权利人的同时，往往要面对大量出于竞争策略的侵权指控，而其应对这类指控的能力较弱，在缺乏程序权利保障的情况下，更容易处于不利地位。因此，过分强调专利行政执法的作用，并不利于对我国创新发展的保护。
（二）实际效果
对于被视为加大行政执法力度依据的“周期长、举证难、成本高、赔偿低”问题，应对专利行政执法解决这些问题的实际效果与司法进行比较分析。
关于审理周期的问题，较之国外法院相应程序的审理周期，我国专利诉讼某一级程序的审理周期很短。据统计，北京知识产权法院2015年侵害专利权纠纷一审案件的平均审理周期为176.7天。而德国专利法院审理专利无效案件的时间通常为1年或1年半，普通法院对专利案件的审理时间甚至达到3-6年。15美国专利诉讼由于证据发现制度的存在，诉讼周期更加漫长。其中相当一部分时间是对专利权有效性的审理。可见，我国专利诉讼周期较长并非某一级程序的审理能力或履职积极性的问题，而是整个二元制结构的设置问题。
关于举证的问题，民事诉讼采用“谁主张、谁举证”的原则，对于当事人难以取得和可能灭失的证据，法律也规定了证据保全、调查取证等程序，这些程序或采用要求提供担保的方式，或允许被诉侵权人参与，均对被诉侵权人的合法权利进行了保障。而行政机关的调查取证是为请求人单方的调查取证，对于取证可能给被诉侵权人造成的损害缺乏补救程序。
关于维权成本的问题，专利侵权纠纷的行政处理的成本由公共财政支持，其支出需符合为公共利益的一般原则。利用公共资源保护专利权相当于以纳税人的贡献服务专利权人，这也是专利等知识产权行政保护备受质疑的理由。16
关于赔偿数额的问题，由于我国行政机关并无裁决赔偿数额的权力，其也无法解决赔偿低的问题。
四、专利行政执法的发展方向
（一）充分发挥调解、服务、维权援助等保护职能
专利行政保护不能等同于专利行政执法。行政机关在专利权保护中的作用，应主要体现在专利的授权、运用、管理过程中的公共服务，行政机关在该过程中发挥着重要作用，专利权要发挥其生命力，也不可能脱离行政机关的作用。考虑到实践中地方专利行政部门所建立的维权援助机构在服务创新企业发展方面已经发挥了重要作用，因此，可在立法中增加“地方人民政府专利行政部门负责设立和管理本地区专利维权援助机构”的规定，以明确专利行政部门的职责，回归行政机关对专利权管理的应有之义。此外，经双方当事人同意的行政调解，包括司法机关委托进行的调解，在实践中也发挥了重要的作用，基于多元化解决社会纠纷的需要，可以予以保留。
（二）取消裁决权，明确界定公共利益范围
如上所述，行政机关以行政裁决的方式介入私权保护本就是特定歷史时期的特殊安排，今后应当逐步弱化，直至取消。而为了防止行政权力任意进入其不应当进入的私权范围，立法时应当为某种行为属于损害公共利益的行为寻找充分的理论和现实依据，法律中应当对损害公共利益的行为划定明确的边界，不能仅以“侵害专利权行为可能对产业发展造成损害”这样的理由作为依据。一般来说，只有类似于进口产品可能危害国内产业和贸易秩序的行为才属于涉及损害公共利益的行为。在“重大影响的专利侵权和假冒专利行为”“群体侵权”“重复侵权”“故意侵权”等概念缺乏基本界定且存在争议的情况下，不宜出现在严谨的立法中。