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随着旗台作业区及南北防波堤工程的建成，连云港港主港区已经变成为南北短、纵深长的半封闭的狭窄港域，口门的缩窄以及口门至港池末端纵深进一步增加，势必对港内水体的交换能力带来一定的影响。通过三维数学模型对工程前后的水体交换能力进行模拟，分析水体交换能力变化的原因，并通过港内水质点的Lagrange运动轨迹进一步认识港内水体的交换过程。模拟结果表明，港区内受水流动力及港1：7形态的影响，旗台作业及防波堤工程建设后主港区的半交换周期从约5d增加至22d。为了保障港内水域的水质环境，必须严格控制港内水体污染排放。