【摘 要】
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目的 分析GⅡ-4型诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列,了解其分子结构特点及基因组类型.方法 根据Sydney2012参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析.结果 GⅡ-4型NoVs广州株GZ20133135病毒基因组全长7566 bp,病毒基因组分三个开放阅读框(ORFs),ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp
【机 构】
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063009唐山,河北联合大学基础医学院,063009唐山,河北联合大学基础医学院,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,广州市疾病预防控制中心,首都医科大学附属良乡教学医院,中国疾病预防控制中心病毒
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目的 分析GⅡ-4型诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列,了解其分子结构特点及基因组类型.方法 根据Sydney2012参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析.结果 GⅡ-4型NoVs广州株GZ20133135病毒基因组全长7566 bp,病毒基因组分三个开放阅读框(ORFs),ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.广州株GZ20133135基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型Sydney2012变异株同源性最高,全长同源性为99.07％.根据系统进化分析,广州株GZ20133135株属于GⅡ-4 Sydney2012变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,Sydney2012变异株位点变化情况为:aa294V或A或P→T,aa296S或T→S,aa297H或Q→R,aa298D或N或T→N,aa368T或N或S或A→E,aa372 N或S→D,aa393 N或D或S,aa394 T或G或S→T,aa395T或A→T,aa407 N或D→S,aa412T或D→N,aa413G或I→T.结论 诺如病毒广州株GZ20133135与参考株Sydney2012NSW0514同源性最高,属于GⅡ-4Sydney2012变异株.全长序列可应用于流行病学诊断、疫苗开发、预测新变异株的出现及诺如病毒流行株进化研究。
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