通过分析303尾来自长江上游赤水河、长江上游干流和长江中游的斑点蛇鮈Saurogobio punctatus线粒体细胞色素b（Cyt b）基因序列,探讨这3个种群的遗传结构及地理分化过程。用于分析的Cyt b序列长1 097 bp,含变异位点80个,其中简约信息位点34个。303尾个体共检测到49个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性（H_d=0.803）和较低的核苷酸多样性（P_i=0.003 71）。由单倍型构建的系统发育树显示:所有来自长江中游的单倍型聚在一起,形成一个单系群,处于系统发育树最进化的位置;来自长江上游干流和赤水河的单倍型处于更基部的位置,不能构成单系群。长江上游干流种群与赤水河种群间具有较多的共享单倍型,二者间的遗传分化指数较低(F_ST=0.029 4),存在广泛的基因交流。而长江中游与上游干流及赤水河种群间的F_ST值分别为0.614和0.706,暗示长江上游与长江中游的斑点蛇鮈间已发生高度分化。中性检验及错配分析显示,长江上游干流种群及赤水河种群经历过种群扩张,而长江中游种群未检测到扩张。Bayesian skyline plot（BSP）分析显示,斑点蛇鮈种群从距今20万年前开始发生扩张,一直持续到末次间冰期（MIS5）晚期,而后迅速扩张。根据BSP分析及单倍型网络图推测,斑点蛇鮈的起源中心可能在长江上游,然后通过种群扩张逐渐扩散到长江中游,进化成遗传分化较大的种群。