与A900相比，A99最为明显的变化莫过于相机闪光灯的热靴插座，这一次索尼终于把当初美能达相机的外包式闪光灯热靴插座重新改回到标准的规格，不再“独树一帜”了。对于相机闪光灯及其附件的专门制造厂家是一个好消息，对于相机的使用者来说，回归到标准的制式上来无疑是一个方便的操作方式。
　　那对于之前使用索尼（或美能达）外包式插座闪光灯的朋友呢？再买一个转化的插座就行了！但这一次索尼又发布了LED连续光源的照明装置，以用于近距离视频的拍摄用途，是不是还得跟着换一个灯具呢？那就得看您的需要了。
　　更多改变
　　索尼A99在机身前面左手一侧设计了快速转换功能拨轮，按动一下，就可以转换调焦方式、测光模式、调焦区域、曝光补偿等不同的功能设置，眼睛不离取景器就能够快速进行功能调节。
　　由于使用了单电相机的结构设计，索尼A99相机的连拍速度达到了6幅/秒（在远摄变焦连续拍摄优先AE模式下，可实现10幅/秒的高速连拍），一下子让这种相机跻身于高速连续拍摄的领域，不再对全画幅高端相机的快拍有所恐惧。
　　还有一个变化必须得说，那就是索尼A99第一次设计了SD存储卡的双卡插槽，籍此提高了影像存储的可靠性，也使得这种相机更具专业形象。