研究与开发(R&D)作为知识和技术的主要源泉,是提升国家创新能力的关键驱动因素。为实现到2020年进入创新型国家行列的战略目标,我国政府不断加大R&D投入力度,但效率偏低,究其原因主要是我国政府R&D投入管理存在重总量规模增长,轻配置结构优化的弊端,导致R&D资源严重浪费。政府应该如何合理运用不同的R&D投入方式及其组合,是实现政府R&D投入效应最大化的关键。而现有研究存在重投入产出分析,轻功能实现机理研究的倾向,缺乏前瞻性和预见性。本文试图在已有成果基础上,分析政府R&D投入组合的内涵及功能实现,构建政府R&D投入组合效应分析框架,在此基础上建立系统动力学模型,并进行系统仿真模拟,对政府R&D投入组合效应进行综合预测,提出不同产出目标条件下的政府R&D投入组合调整方案。第一,在界定政府R&D投入及其组合概念的基础上,从投入方式、执行主体和研究领域三个方面定性讨论政府R&D投入组合的功能实现,根据不同政府R&D投入组合的功能,构建基于“方式-主体-领域”的分析框架,并从理论层面系统地探讨政府R&D投入不同组合作用关系及影响效应,从而为政府R&D投入组合效应分析的系统动力学模型建立奠定基础。第二,将政府R&D投入产出视为一个复杂的动态系统行为,并提出系统运行的边界条件和基本假设。借助系统动力学因果关系回路图,分别探讨高等学校、研究机构、企业和政府行为子系统的构成要素及其基本关系,在此基础上分析政府R&D投入系统的因果反馈机制；依据系统动力学原理,建立政府R&D投入系统的流量图并确立变量的函数关系；结合我国面向2020年建设创新型国家的战略目标及财政预算约束,讨论拟调整的关键参数及变量的合理变动区间,并提出政府R&D投入组合实验的可能情境,设计具体实验方案。第三,采用Vensim_Professional软件对系统动力学模型进行仿真模拟,反复校正模型参数,并对仿真模型的信度和效度进行系统检验；利用通过检验的模型,对政府R&D投入相关参数进行敏感性测试,并比较不同政府R&D投入政策的敏感程度。结果表明,政府增加R&D投入对创新产出的作用效果十分明显,而单一的税收优惠政策并不能有效发挥作用；政府将R&D资金投入高等学校能够带来更多的科技论文产出,要实现发明专利长期跨越式增长,需要增加政府对企业的R&D投入,政府对高等学校和研究机构的R&D投入会在一定程度上挤出企业R&D投入。第四,按照政府R&D投入组合实验的情境设计,对可能组合方案进行反复实验,预测并比较系统输出变量的变动趋势,选择较为优化的组合方案。结果表明,为了获得更多的创新产出和收益,政府在增加R&D直接投入的同时,应选择个人所得税优惠和企业研发费用加计扣除的间接投入方式；政府需要根据不同的政策目标选择不同的政策组合,促使研发资金在不同主体之间合理分配,当政府资金有限的情况下,R&D资助的优先顺序应该为企业、高等学校、研究机构；政府应鼓励高等学校和研究机构将R&D资金投向基础研究和应用研究领域,而对企业而言,则应该先增加试验发展经费、再增加应用研究和基础研究经费。第五,探讨政府R&D投入相关配套政策组合的可能情境,并在此基础上对政府R&D投入及其相关配套政策组合进行模拟实验,并提出政府R&D投入组合及其配套政策的调整方案。结果表明,为了获得更多的科学创新产出,政府增加R&D投入需要信息化平台和科技中介服务平台建设相关配套政策的支持；为了获得更多的技术创新产出,政府在增加政府R&D投入的前提下,需要科技中介服务平台建设与高等学校人才培养相关政策予以匹配。