论文部分内容阅读
Smith-Waterman算法是目前被使用最广泛的序列相似性比较算法之一，它适用于寻找局部相似序列对。该算法精确度较高，一直沿用到现在。目前，使Smith—Waterman算法提速，寻找该算法的优化方法，是世界各地的科学家们正花费大量心血研究的课题。该文从算法并行化着手，充分利用近期蓬勃发展的高性能计算机系统，提出了若干Smith—Waterman算法的优化思想，并在cluster机上实现。