多年宿根甘蔗的转录组分析及差异基因挖掘

来源 :中国生物工程杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hahahuang
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甘蔗(Saccharum hybirds)宿根性直接关系到甘蔗生产成本和种植效益,品种、环境和栽培措施均会影响甘蔗宿根能力,但品种的种性是影响宿根性最关键因素。国内外从分子生物学层面解释甘蔗宿根性差异的文献鲜见报道,本文从转录水平上分析不同宿根年限甘蔗桂热2号和ROC22号基因表达的差异。结果表明:转录组测序共得到100,558 条转录本和25,582 条Unigene。获得53,790 条Unigene的注释结果,分别在NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO和Pfam数据库进行比对。GO功能注释共分成3 大类,51 个小类,6 年宿根蔗注释到1029 个差异基因,3 年宿根蔗注释到3391 个差异基因。主要KEGG代谢通路有8 条,分别涉及植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸的代谢、苯丙素的生物合成、同源重组、DNA复制、错配修复及植物病原体相互作用。筛选出脱落酸相关差异基因6 个,分别为:脱落酸不敏感蛋白2(ABI2)、bZIP转录因子超家族蛋白、碱性亮氨酸拉链型转录因子(ABI5)、aba响应元件结合因子1(ABF1)、G-box结合因子(GBFs)、aba响应元件结合因子(ABF)。以上差异基因将作为后期进行基因表达和功能分析的参考基因,并联合蛋白组学深入分析影响甘蔗宿根性的分子机理。
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