为了验证在荒漠地区MODIS-NDVI产品的精度以及为在气候变化背景下荒漠草地的科学管理提供依据，本文利用无人机低空遥感研究了干旱荒漠地区植被覆盖度（FVC）和归一化植被指数（NDVI）对水、热梯度的响应规律。在内蒙古阿拉善荒漠地区的100个样点采用GreenSeeker手持光谱仪获得NDVI值(NDVI_R)，通过MODIS-NDVI数据产品提取每个样点的NDVI(NDVI_M)，借助NDVI_R验证NDVI_M的精确性；通过无人机遥感手段获得每个采样点的FVC(FVC_U)，利用像元二分模型反演每个样点的FVC(FVC_M)，借助FVC_U验证FVC_M的精确性；并结合气象数据探讨基于无人机低空遥感的荒漠地区FVC和NDVI对水热梯度的响应。结果表明：MODIS-NDVI数据产品能够反映阿拉善地区的NDVI，精确度为84.2%，但比真实值高15.7%；FVC_M能够反映阿拉善地区的FVC状况，精确性为83.1%，但比真实值低14.8%；不同采集方式获得的NDVI受气象因子的影响程度不同，NDVI不仅受气温和降雨的影响，也受地温、蒸发量以及两者相互作用的影响，由于受大气影响程度不同， NDVI_M受地温、蒸发量、降水量的影响比NDVI_R大，NDVI_R受气温的影响比NDVI_M大。在阿拉善地区研究FVC随水热梯度的变化不仅要考虑降水量和气温，还应考虑蒸发量、地温以及气象因子之间相互作用的影响，其中，气温与降雨、蒸发量与地温以及气温与蒸发量之间相互作用对FVC_U的影响较大。