目的了解南京市细菌性痢疾(菌痢)的流行特征,并分析时空聚集性,为菌痢的重点防控工作提供依据。方法采用描述流行病学方法,分析2013-2016年南京市报告的菌痢病例流行和病原学特征,采用时空重排扫描分析时空聚集性特征。结果 2013-2016年南京市共报告菌痢病例2 064例,年均报告516例(412~671例),年均报告发病率为6. 3/10万(5. 0/10万~8. 2/10万),报告2起暴发疫情,共发病167例。4-10月报告病例占78%;男性占54%;病例年龄中位数为21岁(0~95岁),0~3岁组报告发病率最高;散居儿童(34%)、学生(17%)和离退人员(16%)占比最高。各年全局空间自相关Moran’s I都为正值,都P <0. 05;各年均探测到1个时空聚集区域,聚集地区为城区(玄武、鼓楼、秦淮等老城区),聚集时间为4-10月,都P <0. 001。分离培养志贺氏菌株139株,福氏志贺氏菌占58%,宋内氏志贺氏菌占37%。结论南京市菌痢报告发病逐年下降,城区高发,婴幼儿童和老年人群为重点人群,应根据流行和病原学特征,在重点地区和人群开展针对性防控措施。