产量是制约小麦生产的重要因素,本研究利用219份新疆小麦品种(系),验证Hap-6A-P1/Hap-6A-P2、CWI22/CWI21和Ta Sus2-1/Ta Sus2-2三对产量性状相关的功能标记对小麦产量性状检测效果可靠性,同时分析新疆小麦3个产量相关基因位点Ta GW2-6A,Ta Cwi-A1和Ta Sus2-2B的等位变异类型及分布规律,为新疆小麦产量性状的遗传改良提供理论基础。219份小麦品种(系)中,具有Hap-6A-A基因型品种(系)的千粒重(44.11 g)高于具有Hap-6A-G(41.87 g)基因型品种(系)的千粒重(p<0.05);具有TaCwi-A1a(43.38 g)和Ta Sus2-B2b(44.01 g)基因型品种(系)的千粒重分别显著高于具有Ta Cwi-A1b(37.53 g)和Ta Sus2-B2a(38.73g)基因型品种(系)的千粒重(p<0.01)。具有Ta GW2-6A和Ta Cwi-A1基因等位变异组合品种(系)的平均千粒重高低依次为Hap-6A-A/TaCwi-A1a(46.41 g)>Hap-6A-G/TaCwi-A1a(41.70 g)>Hap-6A-A/Ta Cwi-A1b(41.30 g)>Hap-6A-G/Ta Cwi-A1b(35.44 g)。新疆小麦品种(系)中,Hap-6A-G的分布频率显著高于Hap-6A-A,TaCwi-A1a的分布频率显著高于Ta Cwi-A1b;其中在新疆冬小麦品种(系)中Hap-6A-A的分布频率表现为自育品种>引进品种>地方品种;TaCwi-A1a的分布频率表现为引进品种>自育品种>地方品种;而在新疆春小麦中Hap-6A-A和TaCwi-A1a的分布频率均表现为引进品种>自育品种。在219份新疆小麦品种(系)中具有高千粒重组合Hap-6A-A/TaCwi-A1a的分布频率表现为新疆春小麦>新疆冬小麦;其中新疆冬小麦品种(系)中Hap-6A-A/TaCwi-A1a的分布频率表现为引进品种>自育品种>地方品种;新疆春小麦品种(系)中Hap-6A-A/TaCwi-A1a的分布频率表现为引进品种>自育品种。研究表明,新疆小麦品种(系)产量相关性状具有较好的遗传改良潜力。