【摘 要】
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运用"Discovery Studio软件包(version 2.1)/LigandFit模块对氨苄青霉素及其抗体的相互作用进行单分子水平的模拟研究,并对pH的影响进行探讨,以辅助研究开发经济适用的青霉素
【机 构】
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忻州师范学院生物系,浙江大学生物系统工程与食品科学学院,
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运用"Discovery Studio软件包(version 2.1)/LigandFit模块对氨苄青霉素及其抗体的相互作用进行单分子水平的模拟研究,并对pH的影响进行探讨,以辅助研究开发经济适用的青霉素残留快速检测免疫传感器。结果表明LigandFit筛选出的相互作用构象与PDB数据库中记录的免疫复合物构象信息在结合区域、结合方式等方面可以相吻合;对于不同pH时蛋白-配体相互作用,氨苄青霉素及氨苄青霉素抗体之间的相互作用在亲和力、配体内部能量及构象间的均方根偏差(RMSD)方面具有一定差异,在模拟的条件下偏酸性条件有利于抗体与氨苄青霉素的特异性结合,以pH5.0最适。模拟结果的有效性和适用性需要进一步通过分子动力学模拟进行比较、确定,及在模拟结果的指导下进行相关试验验证。
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