目前的探测表明，三星堆的“祭祀坑”总共有8个，其中1号和2号是在1986年发掘的，当时出土了千余件文物，包括青铜神树、青铜神像、青铜面具、金杖、牙璋、象牙、玉璧、玉琮等。这两个坑的发现刷新了人们对成都平原古代文明发展程度的认知。那么三星堆文化是如何形成，它究竟源自于何处？
　　曾任四川省文物考古研究院院长的高大伦认为：“至少青铜文明能看得出来，它受中原的影响，文化的主体肯定是属于中国的。我认为它受夏商文明的强烈影响，算一个亚文明，它的青铜器、玉器，甚至陶器，都能够看出它跟中原有关，也有一些本地的因素。”
　　三星堆文化的本地因素在学术界主要认为是古蜀国文化，而蜀地自古以来与丝绸有着密切的关系。蜀地蚕桑业历史悠久，可以追溯到远古时期。“蜀”之称谓，源于蚕桑业的兴起和发展。传说最早发明丝织品的人就是黄帝的妻子嫘祖，而嫘祖就是蜀人。最早在成都平原建立政权（即古蜀国）的族群称为“蚕丛”，与养蚕抽丝有着直接的关系。
　　从蚕丛时期开始，蜀地的丝绸织造不断演进，至秦汉之时，成都因织锦之盛而有“锦官城”之美名，在中国乃至世界范围内产生了重要而深远的影响。成都汉墓出土了大量画像砖，所绘采桑图和桑园图也反映出两汉时期种桑、养蚕、缫丝和织锦业发展的景象。现三星堆遗址2号“祭祀坑”出土的青铜立人像身着上衣下裳，服饰上有起伏纹饰，应是丝织品表达，可见蜀人3000多年前便已较为熟练地掌握了丝织方面的技艺，因而本次挖掘中提取到的丝绸残留无疑是此次发掘的一大新亮点。
　　“虽然三星堆遗址发现的丝绸并不是年代最久远的，但是这样的发现还是很让人兴奋的。”中国丝绸博物馆研究员周暘介绍说，此次在三星堆遗址祭祀坑发现了两种丝绸。一种是在祭祀坑的灰烬层里发现大量丝绸痕迹;第二种是在青铜器的周边发现了丝绸包裹的痕迹。她解释道，发现丝绸一般有三种语境：一是反映世俗生活的遗址，二是反映丧葬习俗的墓葬，三是反映宗教信仰的祭祀坑。“此次在祭祀坑里发现丝绸，我们很高兴看到，通过考古发掘，发现丝绸的功能被提升到了精神层面。”

　　陶器、金器、青铜器等器物的发掘也是研究三星堆文化源头的重要切入口。高2.6米的青铜大立人、雄奇瑰伟的青铜神树、纹饰精美的大型金杖、造型夸张的青铜面具和戴金面罩青铜头像、与“愤怒的小鸟”撞脸的泥塑陶猪、神似奥特曼的面具……由于造型神秘、与众不同，这些神奇的文物“亮相”之后， 使得三星堆文化一度被传为“外星遗迹”。
　　对此，中国社会科学院考古所研究员、原二里头考古队队长许宏认为纯属无稽之谈：“三星堆遗址中发现了陶盉等二里头文化风格的器物，而这类陶盉在二里头遗址中的年代是二里头文化二期（不早于公元前1700年）。三星堆文化的早期受到二里头文化影响，这点可以从出土的陶盉、铜牌饰、玉石牙璋等看出来，而三星堆文化的晚期则深受殷墟文化的影响。”

　　许宏的这一观点在针对三星堆青铜器矿料来源的研究上得到了一定的支持。1995年，金正耀等学者曾对三星堆的青铜器进行了铅同位素研究，结果在三星堆青铜器中大量发现了“高放射性成因铅”，而“这种高放射性成因的特殊铅普遍存在于商代青铜器之中”。早在1984年，金正耀便针对晚商青铜器矿料的来源做了铅同位素研究，其结论是：殷墟妇好墓出土的部分青铜器，其矿料可能来源于云南。他猜测，这批云南矿料进入中原的途径，有可能是贸易，也有可能是贡纳，还有可能“与妇好征巴（蜀）的战争掳掠有关”。之后，又有多位中国、美国和日本的学者，利用铅同位素实验来追溯商代青铜器的铜料来源，结果都与金正耀的结论相近，指向了云南的铜矿。由此可大致推断，三星堆青铜器的铜料与殷墟出土青铜器铜料系出同源。

　　不过也有学者对上述研究成果持保留态度。理由是“并没有很多的考古学证据”来佐证，而且“铅同位素分析的数据是一个混合的结果”，需要辨析得到的数据到底是表示铅矿来源，还是锡矿来源，或者铜矿来源;加上矿产资料不完整，該实验所提供的矿料产地信息，会有很大的局限性。
　　事实上，自20世纪80年代三星堆遗址大规模发掘以来，三星堆文明是否受到中、西亚文明和南亚、东南亚文明的影响，一直是学术界公开讨论的话题。目前的共识是三星堆的青铜器可以分为两类：一类是青铜尊、青铜罍等，与中原地区殷商时代的风格很相似;一类是青铜面具、青铜树等（也包括金杖、金面具等），很难在中原地区找到同类物品。此外，中原人青睐的玉器在三星堆鲜有踪迹。

　　这种“矛盾”的文化呈现，或许与三星堆所处的四川省的地理位置有关。四川位于一道分隔开东南的中原地区与西北方的草原地区的天然弧形屏障上，这是由高原灌丛与草原两种地貌共同组成的交界地带，著名考古学家童恩正将其称作“半月形文化传播带”，而英国考古学家杰西卡·罗森爵士则赋予了它一个更有诗意的名字——美丽的“中国弧”。这道“中国弧”既为两个自然气候和文化地貌完全不同的区域起到了划分作用，又呈现出了中间地带特有的多文化融合特征，这一点在三星堆文化中得到了明显体现。
　　四川省社科院历史所的学者段渝认为，金杖与雕像“并非土著文化，也不来源于中原文化”，有可能来自华南濮越系，也可能来自西北的氐羌系，甚至可能来源于“西亚、近东文明”。

　　云南大学文学与新闻学院教授张福三表示，三星堆1号、2号“祭祀坑”发掘出来的不同类型的物品都围绕着三星堆文化的太阳崇拜展开。青铜大立人像头顶花冠的正中有圆形的太阳标记;造型类似汽车方向盘的青铜太阳形器、圆轮状的“太阳纹”铜饰件，都是太阳崇拜的直接表现。虽然太阳崇拜并不是中原主流文化信仰，但三星堆出土文物却在太阳崇拜中找到了中国神话的痕迹。比如青铜神树上有一龙十鸟，反映的是“十日神话”和“金乌负日”等传说。
　　换言之，多数学者同意三星堆文明是一种多元文化影响下的产物，但多元文化的准确来源以及影响程度分别有多大，学术界的判断仍存在相当的差异。