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我国海洋自然保护区的建立，在保护海洋环境、物种资源，维护海洋生态平衡等方面起了重要作用；然而海洋自然保护区建设管理工作起步较晚、基础薄弱、保护区的管理正处于摸索阶段，还存在一些问题。文章提出了目前我国海洋自然保护区在管理体制、总体布局规划、经费投入、法律法规以及科研工作方面存在的主要问题，并根据这些问题提出相应解决的管理策略。