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复杂工程系统通常涉及到多个相互耦合的学科，而且其中往往存在不确定性因素。本文采用凸模型描述不确定性变量，将序列优化和可靠性评价方法应用于多学科可靠性优化之中，提出了一种新的多学科系统可靠性设计方法。在该方法中，可靠性分析采用功能度量法，多学科优化方法采用多学科可行方法或者二级系统一体化合成优化方法。数值算例和工程算例说明，该方法求解效率较常规嵌套求解方法效率高，为复杂工程系统的可靠性设计提供了一种新型求解算法。