协同创新是扩散创新成果、提升创新绩效的重要路径,政府的"有为治理"与市场的"有效配置运行"缺一不可。长江经济带肩负打造东中西创新驱动发展示范带、引领带的空间布局功能。文章选取2000-2016年11省市面板数据,基于灰色系统理论模型对长江经济带协同创新绩效进行分析和评价,研究结果表明:由于经济单元、行政区域的非一致性和创新资源的稀缺性以及各省市创新过程中存在强烈的地方利益驱动,省际创新能力与绩效差异明显,沪、苏、浙创新绩效明显超过其他省市,鄂、川、渝和湘、皖等地域单元创新绩效处于第二梯队,而赣、云、贵创新绩效排名靠后,综合评价结果较差,阻碍了区域协同创新。基于此,文章提出要构建多层次区域协作治理体系,强化引致协同创新合作的动力形成、传导扩散、利益激励和风险防范机制,破除行政壁垒,实现省际创新绩效的跨行政边界溢出。