【摘 要】
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大戟科抗HIV病毒蛋白(GAP31)能有效地抑制HIV-1整合酶的整合功能,是一种潜在的抗AIDS药物。作者对GAP31蛋白与其底物腺嘌呤(adenine,ADE)的复合物进行了5 ns的分子动力学模拟
【机 构】
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乐山师范学院化学与生命科学学院,成都大学药食同源植物资源开发重点实验室,
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大戟科抗HIV病毒蛋白(GAP31)能有效地抑制HIV-1整合酶的整合功能,是一种潜在的抗AIDS药物。作者对GAP31蛋白与其底物腺嘌呤(adenine,ADE)的复合物进行了5 ns的分子动力学模拟,从能量和氢键两个角度详细分析了GAP31与ADE识别中的关键残基。结果表明,ADE主要结合在GAP31的T71～V80、G111～K120、I161～F170及F87所构成的口袋中,模拟结果与实验吻合。最后,分子整体运动性结果说明,分子的构象变化更多地与糖基化相关,与其抑制整合酶的活性关系不大。
Euphorbia anti-HIV virus protein (GAP31) can effectively inhibit the integration of HIV-1 integrase function, is a potential anti-AIDS drugs. The authors performed a 5 ns molecular dynamics simulation of the complex of GAP31 protein and its substrate adenine (ADE), and analyzed the key residues of GAP31 and ADE recognition in detail from energy and hydrogen bonding perspectives. The results showed that ADE mainly binds to the pocket of T71 ~ V80, G111 ~ K120, I161 ~ F170 and F87 of GAP31, and the simulation results are in good agreement with the experiment. Finally, the overall motility of the molecule indicates that the conformational changes of the molecule are more related to glycosylation and have less to do with the activity of the integrase.
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