[目的]本文研究了烟蒜轮作对烟田土壤细菌群落结构及其多样性的影响.[方法]利用高通量测序技术检测土壤微生物,比较烟蒜轮作与健康烟田根际土壤细菌.[结果]凉山州德昌县试验烟田土壤优势细菌门依次为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)和酸杆菌门(Acidobacteria),相对含量占总菌的83.31％～88.98％.移栽前,种植大蒜的易感病烟田优势细菌相对含量高于健康烟田,细菌多样性也比健康烟田高.种上烟后,易感病烟田的厚壁菌门数量显著增加,这与养分的变化一致,二者极显著正相关,厚壁菌门和芽孢杆菌都比健康烟田高,且达到了显著性差异.生长期细菌多样性比移栽前降低,易感病烟田低于健康烟田,到成熟期上升并高于健康烟田.[结论]种植大蒜提高了烟田土壤细菌群落结构的调节能力,使发病率由往年的50％降低到6.5％.可见烟蒜轮作可以调整土壤细菌群落结构趋于健康烟田,从而降低土传病害的发生.