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新建本科院校转型发展遇到的瓶颈表现在办学定位不明确、专业教学陷入困境、人才培养模式缺失、专业结构不合理、师资队伍建设滞后等方面。其原因主要是对大学本质及发展方式缺乏全面的认识、专业教学不适于应用型人才培养、产学研合作教育流于形式、专业设置科学性不强、应用型本科对师资队伍提出新的要求。为了破解瓶颈问题,必须树立正确的转型观念、构建专业教学模式、建立"高校主动、行业驱动"的合作育人模式、酌定专业设置的顶层设计、建立应用型师资队伍。只有这样才有可能实现新建本科院校的真正转型,培养出满足社会经济建设需要的应用型人才。