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文章对南京市新型农村合作医疗的运行情况进行分析，发现参合人数不断增加，筹资水平逐年提高；实现了以大病统筹为主的政策要求，但资金结余率偏高；不同级别医院的住院人次分布不均衡。建议规范定点医疗机构的服务行为；实行逐级转诊制度；加强乡镇卫生院的建设；积极探索补偿方法和费用支付方式；建立健全新型农村合作医疗管理信息系统。