【摘 要】
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以根状茎、茎、叶、花、果荚及种子6个部位为样品,利用PacBio技术对七叶一枝花进行了全长转录组测序,并对测序数据进行了生物信息学分析.研究共获得52537个平均长度为2607 bp的高质量isoforms,其中40725条isoforms得到注释.GO注释中,4596个isoforms分为生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的49个功能组;COG注释到了17848个isoforms,其中参与复制,重组和修复相关的isoforms最多,达5094个;此外,31934个isoforms被注释到KEGG数据库
【机 构】
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中南民族大学 生命科学学院 & 生物技术国家民委重点实验室 & 武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室,武汉 430074
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以根状茎、茎、叶、花、果荚及种子6个部位为样品,利用PacBio技术对七叶一枝花进行了全长转录组测序,并对测序数据进行了生物信息学分析.研究共获得52537个平均长度为2607 bp的高质量isoforms,其中40725条isoforms得到注释.GO注释中,4596个isoforms分为生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的49个功能组;COG注释到了17848个isoforms,其中参与复制,重组和修复相关的isoforms最多,达5094个;此外,31934个isoforms被注释到KEGG数据库中的134个代谢通路,分布于碳水化合物代谢、翻译、折叠、分类和降解、脂质代谢等分类中.基因结构分析中,共得到39342个CDS,其平均长度达到759 bp.此外,SSR分析表明,52537个isoforms中的双核苷酸重复数最多,达到9925个.研究获得了七叶一枝花的全长转录组数据库,为该属植物的后续分子研究提供了数据支撑和基因资源.
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