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中枢神经系统(central nervous system, CNS)感染可引起严重的并发症和后遗症，早期快速明确CNS感染的病原体，对于降低CNS感染的病死率和减少后遗症都有重要的作用。目前脑脊液的病原体检测仍主要以脑脊液涂片进行形态学鉴定、细菌培养和抗原检测为主，部分能开展分子生物学方法检测，总体阳性率低，超过一半的CNS感染无法明确病原，使CNS感染的诊治面临极大的困难。以二代测序(next-generation sequencing, NGS)为基础的宏基因组测序技术作为新的检测技术，具有高通量、高灵敏度等特点，在微生物检测方面具有显著的优势。本文主要从NGS在CNS感染病原体诊断及其所面临的问题与挑战等方面进行综述，以求更加系统地了解以NGS为基础的宏基因组测序技术在CNS感染精确诊断中的作用。