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在线的毛细管等电聚焦 电喷雾质谱联用 ,作为一种二维的分离系统 ,对毛细管等电聚焦过程中形成的蛋白质亚型进行了分析。这种分析系统通过使用中性的涂层毛细管 （80cm长 ）、动态的毛细管位置调整方法和鞘流液接口得以建立。蛋白质首先在毛细管等电聚焦过程中根据它们等电点的差异得到分离 ,然后被电喷雾质谱鉴定。已聚焦好的蛋白质区带通过结合阴极移动和重力移动的方法从毛细管中流出而进入质谱仪。由于在此特定情况下这种方法具有极高的分辨率 ,有三种血红蛋白A和镰刀型血红蛋白的亚型 （具有几乎相同的电荷分布和分子质量 ,但它们的等电点差异在 0 .0 4到 0 .0 8之间 ）和两种乳球蛋白A的亚型 （等电点差异为 0 .6 ）被检测到。这些蛋白质亚型的等电点、相对含量和分子质量都通过毛细管等电聚焦 电喷雾质谱联用方法同时得到了确定。