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科研能力是高校的核心能力，影响高校科研能力的因素众多，本文选取11个典型指标，来建立基于S_Kohonen的高校科研能力评估模型及算法。首先，介绍了Kohonen网络及S_Kohonen网络；其次，建立了一种新的基于S_Kohonen的高校科研能力评估模型及算法；最后，在对数据进行分维可视化和归一化的基础上，利用MATLAB R2009a编程实现了S_Kohonen高校科研能力评估模型及算法。选取25所高校的科研能力数据用于仿真实验，其中20所高校数据作为训练集，其它5所作为测试集，该算法平均分类正确率为90％，达到了预期目标。