【摘 要】
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对来源于NCBI公共数据库的21474条银杏EST序列进行简单重复序列(SSR)搜索,结果表明:在这些银杏EST序列中共有2122条含有SSR位点,在检索出的SSRs中,2碱基重复912条(34.99％),3碱基重复964条(36.99％),4碱基重复605条(23.21％),5碱基重复125条(4.78％).使用引物设计软件Primer3.0对检索到得SSR序列进行引物设计,共设计成功设计出56
【机 构】
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南京林业大学森林资源与环境学院,南京210037
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对来源于NCBI公共数据库的21474条银杏EST序列进行简单重复序列(SSR)搜索,结果表明:在这些银杏EST序列中共有2122条含有SSR位点,在检索出的SSRs中,2碱基重复912条(34.99％),3碱基重复964条(36.99％),4碱基重复605条(23.21％),5碱基重复125条(4.78％).使用引物设计软件Primer3.0对检索到得SSR序列进行引物设计,共设计成功设计出560对引物,引物设计的主要参数为:引物长度范围为18 ～24 bp,退火温度为44～65℃,上下引物之间退火温度相差不超过3℃;扩增片段长度在100～300 bp之间;(G+C)含量为40％～65％,最适为50％.随机挑选其中的91对银杏EST-SSR引物,分别以2个银杏品种和6个银杏品种的DNA为模板,对引物进行了初筛和复筛,最后开发出4对扩增条带稳定且多态性好的引物,今后可被用于银杏的相关研究.
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