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军校工科研究生培养是军队战斗力生成的"孵化器"，专业课教学是军校工科研究生培养的重要内容。结合当前军校工科研究生培养现状，分析了翻转课堂教学模式应用于军校工科研究生专业课教学的可行性，通过设计课前自主学习、课堂研讨交流、课外训练拓展三个阶段，给出了翻转课堂教学模式在军校工科研究生专业课教学中的具体操作，结合seminar教学法、案例式和情景式教学法、博士生助教制等，有效提高了军校工科研究生的创新能力和综合素质，最后针对翻转课堂教学模式提出积极完善的评估机制，为下一步军校工科研究生专业课翻转课堂教学模式的深入改革与应用提供了参考和借鉴。