【摘 要】
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在多种肿瘤组织中(如鼻咽癌)能检测到EB病毒的基因产物的表达,提示EB病毒可能在肿瘤的发生中扮演着重要的角色.然而,研究者对于EB病毒基因组在肿瘤组织内的真实情况,以及EB病毒是否在肿瘤组织中是单克隆扩增仍然了解不深.本研究利用第二代高通量测序技术直接对一例高发区的鼻咽癌患者的肿瘤组织进行全基因组测序.通过过滤人的基因组信息后,我们成功组装出一个临床EB病毒株GD2 (GenBank access
【出 处】
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首届东湖学术论坛暨2012年武汉病毒学研究生论坛
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在多种肿瘤组织中(如鼻咽癌)能检测到EB病毒的基因产物的表达,提示EB病毒可能在肿瘤的发生中扮演着重要的角色.然而,研究者对于EB病毒基因组在肿瘤组织内的真实情况,以及EB病毒是否在肿瘤组织中是单克隆扩增仍然了解不深.本研究利用第二代高通量测序技术直接对一例高发区的鼻咽癌患者的肿瘤组织进行全基因组测序.通过过滤人的基因组信息后,我们成功组装出一个临床EB病毒株GD2 (GenBank accession number HQ020558), 基因组全长为164.7 kb.通过对GD2与己发表的3个EB病毒全基因组之间的系统发育学分析发现,GD2与同样从鼻咽癌中测定的GD1之间的进化距离最近.GD2包含了之前已经报道过的在中国南方鼻咽癌高发区中患者高频携带的突变,表明该株在南方高发区具有一定代表性.GD2在全基因组水平上只检测到6个杂合点突变,这支持了EB病毒在鼻咽癌中单克隆扩增的理论.本研究第一次在鼻咽癌组织中分离测定了EB病毒的全基因组,并对其进行全基因组范围内的分析.我们的研究表明了高通量测序技术可用于快速发现和鉴定临床样本中EB病毒全基因组范围内的突变并能提供EB病毒在肿瘤体内是否单克隆的证据,该技术将成为鉴定EB病毒致病亚株的一个重要技术手段.
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