【摘 要】
：
中国狼曾经在中国广泛分布,现在分布区已大大缩减.对于中国狼的遗传结构和进化历史研究较少.为了更好的研究其遗传结构、进化历史和适应性进化等方面的问题,我们对8 个来自中国不同区域的野生中国狼个体(西藏、青海、内蒙古、新疆各2 个个体)进行了深度的全基因组测序.经过上游数据处理和质量控制后,所有个体有效coverage 均为20x 以上,总共产生了超过6 百万个SNP用于下游分析.全基因组水平的PCA
【机 构】
：
成都大熊猫繁育研究基地 四川大学生命科学学院
论文部分内容阅读
中国狼曾经在中国广泛分布,现在分布区已大大缩减.对于中国狼的遗传结构和进化历史研究较少.为了更好的研究其遗传结构、进化历史和适应性进化等方面的问题,我们对8 个来自中国不同区域的野生中国狼个体(西藏、青海、内蒙古、新疆各2 个个体)进行了深度的全基因组测序.经过上游数据处理和质量控制后,所有个体有效coverage 均为20x 以上,总共产生了超过6 百万个SNP用于下游分析.全基因组水平的PCA(组成分分析)和Structure 结果均表明西藏个体和青海个体聚为一个进化支,新疆和内蒙个体为另一个支,此分组对应了：高海拔VS 低海拔.在高海拔个体中共发现有12384 个SNP 完全区别于低海拔个体,其中有5600 多个是分布在基因内.总共99 个分布在72 个基因的外显子中,其中31 个为非同义突变.突变的基因中个别基因属于耐氧相关基因,如WTIP(WT1-interacting protein)基因中有2 个高海拔个体特有的非同义突变,并为selection scan 结果的top 1％.全基因组适应性进化扫描(genome wide selection scan)总共发现超过300 多个耐氧相关基因进入到结果的top 5％ level.个别基因报道在西藏人高海拔适应性中有较大贡献,比如EPAS1,BACH1 和ANGPT1 等.EPAS1是HIF 通路(低氧诱导调节通路)中的重要基因,在人体面对低氧环境时的代谢调节中起到核心作用,并在先前研究中表明其在西藏人中受到了强烈的自然选择.在本研究中,总共发现有3 个高海拔个体特有的非同义突变存在于EPAS1.对个别重要基因上存在的高海拔个体特有非同义突变位点在35 个野生个体进行Sanger 测序发现,上述位点在高海拔个体和低海拔个体有显著的等位基因频率差异,进一步证实EPAS1 等基因对中国狼青藏种群的高海拔适应有显著的贡献.
其他文献
二叠纪-三叠纪之交的灭绝事件是显生宙最严重的一次生物集群灭绝事件,而(虫廷)类有孔虫作为有孔虫中特殊的一个类别,是石炭纪、二叠纪海洋中占主导地位的微体生物,具有重要的地层学意义,同时对生物的灭绝过程和型式具有重要指示意义.通过对该地区康家坪剖面长兴组上部与大冶组下部地层进行系统采样、切片研究，在长兴组上部地层中发现278个(虫廷)类有孔虫，共鉴定出4属11种。这些(虫廷)类有孔虫在地层中的分布表明
本研究基于华南七个不同相区剖面17个生物大类(包括258属543种海洋生物)在二叠系-三叠系界线附近的详细分布，提出了二叠纪-三叠纪之交生物的两幕式灭绝型式。这两幕灭绝事件对海洋生态系统的冲击存在明显区别，经历两幕灭绝的生物其具体的灭绝过程也存在差别。可见，不同的生物类型，在灭绝事件中的表现型式是不同的，残存类型的生态位也存在明显差别，这可能是导致生物灭绝型式长期得不到解决的关键因素。
豫西地区二叠系-三叠系之交陆相地层中微生物成因沉积构造的发育说明，地质灾变事件在陆相环境中同样形成了特色鲜明的“错时相”沉积记录。根据微生物成因沉积构造在剖面中的发育层位判断，陆相环境生态系的复苏可能早于海相环境，这一推断得到地层序列中遗迹化石发育特征的印证。
Low-power laser irradiation (LPLI) can promote cell proliferation through a wide network ofsignals.However,the underlying mechanisms are not fully elucidated.In this study,based on fluorescence resona
晚期糖基化产物(AGEs)是一类由Maillard 反应产生的高度氧化的混合物,AGEs 的膳食摄入(特别是游离态的AGEs)对人体健康具有潜在危害性.采用高效液相色谱-质谱对33种酱油中羧甲基赖氨酸(CML,一种典型的AGEs)进行定量检测,并对其检测过程进行了优化.结果表明：游离态CML 占酱油总AGEs 含量的绝大部分,其在生抽、老抽中的含量分别为224.6130-954.1564、612.
寄生等足类即缩头水虱亚目(Cymothoida)包括4总科34科506属,我国对寄生等足类的研究主要集中在鳃虱科(Bopyridae)和缩头水虱科(Cymothoidae),前者为甲壳动物的寄生物,后者为鱼类寄生物.鳃虱科主要寄生于十足目的鳃腔或腹部.该科雌性个体体型变化较大,有些种甚至呈一个充满卵的囊状体,从外形上几乎看不到等足目的特征,它的雄性个体体型较小,但保持了等足目的外形特征,共包括9亚
九寨沟自然保护区是以大熊猫(Ailuroplda melanoleuca)和森林生态系统为主要保护对象的国家级自然保护区,区内的大熊猫主要食竹种类为华西箭竹(Fargesia nitida),因此,研究其开花种群特征可为大熊猫主食竹研究提供基础资料,为评估开花后重新更新处于恢复阶段的主食竹种群恢复状况提供比较的标准,并为大熊猫栖息地的保护管理提供参考和指导.野外调查分别于2011年10月和2012
选择佛坪、周至交界的龙草坪走廊带为研究地点，以大熊猫及其伴生动物为研究对象，采用红外监测和样线调查相结合的方法，对龙草坪走廊带大熊猫等野生动物种类、分布规律、人为干扰进行了研究，采用栖息地特征值打分法对龙草坪走廊带大熊猫栖息适宜程度进行了评价。研究表明：龙草坪走廊带内共发现大熊猫及其主要伴生动物共15 种，与大熊猫的关系类型有三种形式：(1)威胁种、(2)食物竞争种、(3)中立种；在垂直分布规律上
四川龙溪-虹口国家级自然保护区是2008 年“5·12 汶川大地震”的重灾区之一,地震造成保护区内的大熊猫生境丧失面积为7354hm2,占保护区大熊猫生境面积的32.15％,严重威胁到大熊猫种群的生存和繁衍.为了了解和评估大熊猫栖息地自然植被的恢复状况,探究震后大熊猫栖息地自然植被恢复与生态因子的关系,2012年8～9月对保护区滑坡体较多、大熊猫活动较频繁的龙池区域的植被恢复现状进行了调查,共记录
Studies on time budget have shown that four factors which may influence daily activity budget of the Asiatic wild ass: a) seasonal change of forage biomass and quality; b) temperature variations thr