洞庭湖区水安全问题多样且严重，主要表现在：洪涝灾害频繁且严重，后三峡时代仍面临严重威胁；干旱缺水时常发生，后三峡时代有加重之势；局部地区水体污染仍较严重，存在富营养化潜在威胁；水土流失较严重，泥沙淤积、湖泊日益萎缩；血吸虫病依然流行；东方田鼠危害严重；外来物种的入侵危害；生物多样性减少等。洪涝灾害的形成是广泛地域的水文联系、特大洪涝年大气环流异常以及特大洪涝对厄尔尼诺的响应等综合因素作用的结果。干旱缺水除了洞庭湖区是湖南省四个少雨区之一的本底影响外，更与三峡工程运行带来的水资源的时空变异，并影响现有水利工程运行，导致部分地区工程性缺水和水质性缺水问题有关。水质污染和富营养化是各种点源和面源所排放的污染物在湖泊水文泥沙与气候条件综合作用下形成的。生物多样性减少，生态平衡遭破坏是自然因素与人为因素综合作用的结果，但人为因素是主因。血吸虫病危害形成机制包括宏观机制与微观机制。东方田鼠危害是泥沙淤积循环、洲滩扩展、种群数量积累和水位涨落等因素长期积累或放大过程的结果。最后，提出了洞庭湖水生态安全问题的主要解决途径：建立完善的洞庭湖水安全监测和预警系统，建立洞庭湖流域水资源统一管理体系与生态补偿机制，建立人与洪水协调共处的防洪减灾体系，加强洞庭湖区洪旱巨灾风险管理，深入研究后三峡时代江湖关系的新变化、建设健康洞庭，优化提升洞庭湖区产业结构、建设洞庭湖生态经济示范区。