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针对现行中医药临床研究中存在的"方、证、病割裂,基因、蛋白质、代谢物分离"等问题,提出并发展了"系统(中药)对系统(生物体)"(S2S)的研究体系和方法,为中医药临床研究提供了一种新模式,并构建了以整合生物标志物(IBS)为特征的临床系统生物学研究体系.整合的生物标志物体系包括中医证候指标、临床生化及影像学指标、系统生物学标志物群多个层面,系统生物学指标包含基因、蛋白质、代谢物多个层次的标志物群.建立的整合生物标志物体系可应用于疾病早期预警、临床诊治、指导个性化用药、疾病预后以及药物评价.