以三峡库区重庆段为实例，将地理信息系统(GIS)与修正的通用土壤流失方程(MUSLE)相结合，对三峡库区重庆段农业非点源污染危险性进行了评价。结果表明：三峡库区重庆段非点源污染危险性高的区域占总面积的2.16％，较高区域占1.55％，中等区域占6.76％；危险性高、较高和中等的区域主要位于库区腹心地带，如云阳、奉节、万州、巫溪、丰都、巫山等区县；同时该类区域主要分布在库区河流两岸，距河流越近，非点源污染危险性越高； 且大部分为旱地，而林地上分布很少。相应地，今后三峡库区重庆段农业非点源污染控制应针对具有高、较高和中等危险性的区域。实践证明该方法是一种较好的大尺度农业非点源污染危险性评价方法，能识别农业非点源污染高风险区，并确定农业非点源污染防控与管理的优先区域和重点区域。该评价结果能为政府有效防控和管理三峡库区农业非点源污染提供决策依据。