通过合作加强知识产权的保护，是自由贸易协定中的一项重要内容。面对国际知识产权保护出现的动向，上海自贸试验区有三种选择：(1)区内实行高标准或TPP式的严格保护制度；(2)区内除特殊行业实行高标准重点保护外，总体上应按TRIPS的规定实施知识产权保护；(3)区内遵循TRIPS知识产权保护规定，但逐步向高标准看齐。过高的保护会损害中国企业的利益，并阻碍中国经济的发展势头。但如果中国准备进入TPP谈判，加入美国的游戏规则，那么在区内现行TPP高标准，然后向全国推广，也未尝不可。不过，具体在试行中会出现一系列的问题：第一，"一国两法"问题；第二，双重法规在区内企业与区外企业发生纠纷解决中出现双重标准问题。为此，目前可以做的： (1)区内应有机构承担起知识产权保护管理的职能；(2)缔造区内严格、透明、高效、公正的知识产权保护环境；(3)成立快速调节中心，建立多元化纠纷解决机制；(4)补充并提供平行进口适用法律等。