【摘 要】
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香菇是我国食用菌产业一种主要的栽培品种。香菇栽培产业的发展促进了对香菇遗传学研究的深入。新一代高通量测序技术的迅猛发展为研究人员了解香菇的全基因组和单核苷酸多态性（SNP）提供了很好的研究手段。通过454 GS FLX高通量测序对香菇135菌株的两个原生质体单核体菌株（Le135A和Le135B）进行全基因组测序,分别得到了57万（200 M）和64万（230 M）条reads,通过去除冗余数据、
【机 构】
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国家食用菌工程技术研究中心农业部应用真菌资源与利用重点开放实验室上海市农业遗传育种重点开放实验室上海市农业科学院食用菌研究所
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香菇是我国食用菌产业一种主要的栽培品种。香菇栽培产业的发展促进了对香菇遗传学研究的深入。新一代高通量测序技术的迅猛发展为研究人员了解香菇的全基因组和单核苷酸多态性（SNP）提供了很好的研究手段。通过454 GS FLX高通量测序对香菇135菌株的两个原生质体单核体菌株（Le135A和Le135B）进行全基因组测序,分别得到了57万（200 M）和64万（230 M）条reads,通过去除冗余数据、重复序列和低质量的核苷酸等步骤后,得到了约65%的reads用于拼接,拼接结果分别得到了深度均约为6倍覆盖率的contig。将这些contig和灰盖鬼伞（Coprinopsis cinerea）的全基因组序列进行比对,结果显示约有20%的序列相互之间有高度的保守性。随后,在香菇的全基因组测序结果中进行了SNP数据挖掘,比对Le135A和Le135B的contig,共发现了124 591个SNPs位点,通过对这些SNPs位点的进一步分析,发现了众多在TheSingle Nucleotide Polymorphism Database（dbSNP）中并未报道的SNP位点,这些位点信息为食用真菌基因组和QTL mapping的研究提供了有价值的信息,并且本研究中所采用的分析方法也可为食用真菌单倍体的SNP相关研究提供借鉴。
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