微卫星标记技术在动物遗传多样性分析等方面发展迅速,在水产动物上的运用也比较广泛。本研究共设计了108对微卫星引物,筛选出17个多态性高且能稳定扩增的微卫星位点。利用12个多态性微卫星DNA位点对珠江水系5个银飘鱼群体(桂江GJ、融江RJ、郁江YuJ、右江YJ、左江ZJ)进行遗传多样性分析,结果显示(期望杂合度=0.7749-0.8178,PIC值=0.7137-0.7793)各群体表现出较高的遗传多样性,且遗传多样性水平相近。分子方差分析显示,98.6%的遗传变异发生于群体内,仅1.4%的遗传变异来自群体间,5个群体间的分化系数为0.014,说明群体间的分化极小,连低等程度的遗传分化都未达到。Nei’s遗传距离分析显示,GJ和YuJ遗传距离最近(D=0.0865),而RJ和ZJ遗传距离最远(D=0.2242)。本研究为珠江流域野生银飘鱼的遗传资源保护和利用提供了基础数据,为后续的研究提供有力借鉴。