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本研究时一株DHV1毒株R进行了全基因组测定(EF585200),序列经DNAstar分析发现,该毒株与其他GenBank发表的DHV1毒株基因组核苷酸序列同源性为94.2%~99.2%,编码聚合蛋白氨基酸序列同源性为98%~98.8%。表明DHV1-R株与其他毒株之间病毒基因组一级结构有较高的同源性。
通过分析表明DHV1-R株基因组结构为5UTR-VPO-VP3-、VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3UTR。在遗传进化关系上与副肠孤病毒属(Parechovirus)亲缘关系较近。参照鸭肝炎病毒Ⅰ型基因序列设计特异性引物,分别进行巢式PCR和SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法检测鸭肝炎病毒Ⅰ型,结果表明巢式PCR敏感性为6pg/mL。实时荧光定量RT-PCR确定特异性产物的Tm值,同时做普通RT-PCR。试验结果表明,特异性产物的Tm值为85.6℃,最低能检测到含0.015fg/μL止阳性质粒标准品。以阳性质粒标准品10倍系列稀释的模板进行实时荧光定量PCR,通过对反应体系和反应条件进行筛选和优化,建立了检测鸭肝炎病毒Ⅰ型的标准曲线。建立的巢式PCR与SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法显示了较好的特异性、敏感性,为鸭肝炎病毒Ⅰ型的临床检测和流行情况调查提供了新的技术手段。