本实验对筛选自印度洋海底沉积物的60株链霉菌以及NCBI上下载的与Streptomyces pratensis 16S rRNA基因相似性在99％以上的5株生效发表链霉菌,共65株为实验对象进行MLSA分析,结果表明,多序列位点分析更利于本实验筛选的链霉菌种内及种间的精确区分；同时,多序列位点分析可以更多地找出不同菌株之间的基因位点突变,更细地知道物种之间的进化关系；最后,MLSA分析构建的系统进化树更加稳定,系统进化关系也更加明确。与Streptomyces pratensis1 6S rRNA基因相似性在99％以上的21株菌经过四基因串联分析后,本来很难区分的同一个种的链霉菌分出明显的六枝,YIMM12009单独一枝、YIM M12183单独一枝、YIM M12011单独一枝、从NCBI中下载的五株菌一枝、YIMM12121-1、YIMM 12138、YIMM12012聚在一枝,其余在一枝。这与同源性差异表相符,并且与四基因的基因类型相符合,与此同时四基因串联分析所构建的系统进化树每一枝的自举值都高于50％,MP及ML树与NJ树相符合,基因串联所画的系统进化树更加稳定。对与Streptomyces pratensis、Streptomycescavourensis、Streptomyces albidoflavus这三个种16S rRNA相似性高于99％的32株链霉菌进行多序列分析显示：在atpD基因构建的系统进化树上,菌株聚类成四块,进化关系表现的更细,进化树的自举值也显著提高,进化关系更稳定。然而,在recA基因构建的系统进化树中,除了明显的聚群以外,YIM M12009独立成枝,估计YIM M12009的recA基因发生较多突变,菌株YIMM12229却和Streptomyces albidoflavus聚群,这也反映了Streptomyces cavourensis类群和Streptomyces albidoflavus类群有着更近的进化关系。更体现出recA基因在进化分析上的价值。在rpoB基因构建的进化树上可明显看出,所有菌株分为四块,进化树也表现的很稳定,四基因串联后,所选的三个类群菌株聚为5类,进化关系更为明显,自举值大多数大于50％,ML、MP、NJ树相比较更加稳定。本文最后将实验所得的60多株链霉菌划分为30多个类群,使得所分链霉菌有了更精细的区分,为下游实验提供了更多的链霉菌资源。