8个双孢蘑菇核心种质的重测序初步分析

来源 :福建省科协第十四届学术年会分会暨2014年福建省食用菌学会学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xujinchang5280
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  为探讨双孢蘑菇不同类型菌株间基因组存在的差异及开发SNP、SV等分子标记,对8个不同类型的核心种质开展基因组重测序工作.共获得9,840,696,438数据量,48,716,319对reads,Q30达到80%以上.样品的reads与参考基因组H97的比对效率均在70%以上,对参考基因组H97的覆盖率均达到95%以上,平均深度分别在32X左右.基于测序数据与参考基因组的比对结果,共检测获得约3,190,387个SNP,239,874个Indel,8,070个SV.对双孢蘑菇及其两个退化突变体的SNP和Indel变异位点进行了注释.
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