基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV)是染色体重排的结果,可能会导致一些遗传性疾病,比如佩梅病(Pelizaeus-Merzbacher disease,PMD).断点的确切位置能够反映出CNV的长度以及CNV边界处的基因,这对于解释由CNV导致的疾病的病因很重要.断点处的序列特征也能够反映出CNV的发生机制.目前,寻找断点的方法有长片段PCR,液相捕获和二代测序.长片段PCR是根据已经报道过的重组方式来设计引物,对重组位点进行扩增.这种方法的成功率不到50％,并且对于有多种重排结构的复杂CNV来说,长片段PCR的适用性就不高.目的区域的液相捕获和二代测序可以用来寻找一些复杂CNV的断点,但是实验操作比较复杂.当样本间断点的位置相差很大或者样本量很小,这两种方法的成本就很高.我们尝试用一种新方法,不仅操作简单,而且适用于不同结构的CNV断点,并且样本量大的时候可以搭配二代测序使用,样本量小的时候可以单个样本独立分析.我们将这种方法命名为双PCR.双PCR的实验步骤可以概括为：确定断点存在目标区域,建基因组DNA文库并连接Y型接头,设计断点特异性引物和接头引物,巢式PCR,挑单克隆测序或者二代测序.我们用13例PMD病人的DNA来检验双PCR的效率,总共找到61个不同的断点,用普通PCR和一代测序验证这些断点全部确实存在.我们还选取了39例老鼠ips细胞,用双PCR结合二代测序的方法来寻找逆转录病毒在ips细胞基因组中的插入位点,总共找到2534个插入位点.用普通PCR和一代测序验证,其中,拥有＞=2条不同序列的插入位点的验证成功率有90％以上.所以,双PCR是一种操作简单,经济适用并且效率高的方法,适用于寻找复杂结构CNV的断点,也可用于寻找逆转录病毒插入位点.