利用双向电泳体系，对广东阳江和浙江乐清两地的泥蚶肌肉全蛋白进行了研究。结果显示：阳江和乐清两地样品平均检测到的蛋白点数分别为674±25和746±34个，平均匹配率为78.6％。通过软件分析，获得差异表达蛋白质点数为26个，其中3个点仅在阳江泥蚶中表达，5个点仅在乐清泥蚶中表达，6个点在阳江泥蚶中为高表达(表达量高5倍以上)，12个点在阳江泥蚶中为低表达。在这些差异点中，选择其中6个具有代表性的蛋白点(P1～P6)进行肽指纹图谱分析(MALDI-TOF-MS)，结果为：肌动蛋白片段(Actin 1)、未命名蛋白KRAB(Unnamed proteinproduct KRAB)、肌动蛋白(Actin)、假设蛋白LOC768032(hypothetical protein LOC768032)、PRKA激酶锚定蛋白9(A Kinase anchor protein 9)以及烯醇化酶(Enolase)。其中乐清泥蚶中高表达的4个蛋白(P1、P3、P5、P6)都与贝类的肉质特性有一定关联。P1、P3可以影响肌肉在热变性时的凝胶特性，一定程度上决定了肉糜制品的质地、外观和出品率；P5可以对蛋白进行磷酸化改性，提高蛋白的溶解度，以及聚结稳定性；P6对贝类的糖代谢起关键的调控作用。P2和P4由于研究较少，数据库贫乏，其功能尚不确定。蛋白质组学研究结果一定程度上证明，乐清地区出产的泥蚶从营养、肉质和鲜美度方面都要强于阳江地区的泥蚶。