【摘 要】
：
快速准确模拟确定核酸碱基间的各类氢键作用强度,对正确理解 DNA 双螺旋结构的形成机制、正确模拟描述遗传信息的复制、转录和翻译,有着重要的科学意义。我们使用可极化偶极-偶极作用模型对一系列由碱基 A、T、G、C、U 构成的氢键复合物进行了计算。我们不仅将 C=O,N-H,C-H 作为偶极,而且将碱基 A、G、C 中具有孤对电子的 sp2 杂化氮作为偶极,通过模型分子确定了相关参数,然后将其应用于一
【机 构】
：
辽宁师范大学化学化工学院,大连,116029
论文部分内容阅读
快速准确模拟确定核酸碱基间的各类氢键作用强度,对正确理解 DNA 双螺旋结构的形成机制、正确模拟描述遗传信息的复制、转录和翻译,有着重要的科学意义。我们使用可极化偶极-偶极作用模型对一系列由碱基 A、T、G、C、U 构成的氢键复合物进行了计算。我们不仅将 C=O,N-H,C-H 作为偶极,而且将碱基 A、G、C 中具有孤对电子的 sp2 杂化氮作为偶极,通过模型分子确定了相关参数,然后将其应用于一系列包含 N-H…O=C,N-H…N,C-H…O=C 的碱基复合物。结果表明：我们得到的氢键结构与 MP2/6-31G(d)方法得到的氢键结构符合的较好；得到的氢键作用能与包含基组重叠误差校正的 MP2/aug-cc-pVTZ 方法的结果符合的较好。
其他文献
寻找具有高连接度和高对称性的非碳无机笼形分子一直是实验和理论研究的热点.本文用第一性原理方法,研究具有Ih点群对称性铟银二元笼状团簇分子[In12Ag20]q-(q=0,1,2)基态的稳定性和电子结构性质.计算采用Dmol3软件包中的局域密度近似方法(LDA)和广义梯度近似方法(GGA),泛函包括pwc,pbe,p91,pb,blyp等,芯电子处理方法包括全电子和赝势vpsr,dspp等,基组用极
CeO2因具有独特的储放氧能力被应用到诸多氧化还原反应体系中,贵金属中Pd金属价格相对低廉,若能使Pd金属组分与稀土铈基材料耦合,则有望合成出具有高活性、稳定性的价格低廉的催化剂体系,然而目前对于该催化剂催化作用本质的认识还不够.本文采用DFT+U理论计算的方法研究CO在Pd/CeO2上的反应机理.所有计算结果都是采用VASP程序包,关联项采用PBE-GGA近似,电子间的相互作用则用平面波来模拟.
通过研究正负离子在带电生物大分子周围的径向分布函数，证明了在生物大分子分子动力学模拟中正确放置盐离子的重要性。我们针对这一类生物大分子的MD模拟，提出了一种有效放置盐离子的新方案，并在我们自己研发的 Modar MD 软件包中实现了相关计算模块。进一步，我们将这种基于电势分布的最佳位点法与传统的 Monte Carlo方法相结合，在小蛋白质和 RNA 系统进行测试，结果表明新方法优于传统 Mont
磷光过渡金属配合物因其特殊的发光性质及在有机光电子领域的成功应用一直受到科学家们的广泛关注。与有机荧光材料相比，磷光金属配合物由于存在显著的重原子效应而具有较高的室温三线态磷光量子效率、长的发射寿命以及丰富的激发态性质等特点。这些光电特性使其在有机发光二极管、发光电化学池、信息存储、化学传感、生物成像等领域获得了成功的应用，并展现出纯有机共轭材料无法比拟的优势，成为国际研究的热点。近年来，我们重点
单分子磁体在量子计算、高密度信息存储以及自旋分子电子学等方面具有潜在的应用价值[1]。近年来,对单分子磁体的研究不仅局限于提高其阻塞温度和有效能垒,将其结合其它物理或化学功能,如导电、多孔和铁电性质等,以构筑多功能分子体系也是一个热点。而对于单个磁性分子在表面上的组装是这类材料走向应用的关键技术之一[2,3]。四硫富瓦烯(Tetrathiafulvalene,TTF)及其衍生物具有较强给电子能力、
二氧化铈基催化剂因其独特的氧化还原性和酸碱性而广泛应用于有机化学中[1]。在此我们报道了CeO2催化芳香伯醇分别与胺类和酮类化合物发生氧化偶联反应制备亚胺和α,β-不饱和酮。在此类氧化偶联反应中,CeO2均表现出显著的晶面效应。在(100),(110),(111)这三个低指数晶面中,棒状CeO2上的(110)晶面表现最好的催化活性。
通过高温浸渍法,对多壁纳米碳管进行了F掺杂与浓硫酸磺化修饰改性处理,制备了一种新型Lewis酸型催化剂F--SO42-/MWCNTs,并通过多种表征手段对其物理化学性能进行了分析.以F--SO42-/MWCNTs为催化剂,以甲醇和油酸为原料,对其在应用于催化酯化反应合成生物柴油过程中的活性进行了研究.结果表明：当反应温度为65℃、醇油摩尔比为12：1、催化剂质量占反应物总质量的0.9％、反应时间为
单分子拉伸力实验对DNA解链动力学的研究发现了剪断力分布的宽尾特征，意味着解链动力学速率的含时涨落，即动力学无序现象。基于Zwanzig涨落瓶颈模型(fluctuating bottleneck model)，假设解链过程的速率与DNA构型开—合态密切相关，正比与沿反应通道的瓶颈面积。采用一维广义朗之万方程描述瓶颈半径的随机涨落，受到与构型慢涨落密切相关的分数高斯噪声的影响。采用随机泛函分析方法，
In the present study,we apply Monte Carlo method to predict the crystal structure of Li2 Ti(BH4)5(NH3)5(abbreviated as ATLB)By using DFT method,we optimized the structure and obtain its electronic str
On the basis of density functional theory calculations,we have designed a kind of metallocenes-fullerene molecular wire necklace.The electronic structures,transportation properties,field and twist eff